معلومة

ه 2. المبادئ الأساسية لتحليل التحكم الأيضي (MCA) - علم الأحياء

ه 2. المبادئ الأساسية لتحليل التحكم الأيضي (MCA) - علم الأحياء


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

هناك حاجة إلى مجموعة متنوعة من المدخلات لمثل هذه التحليلات الحسابية:

أ. مسارات محددة. هذه متوفرة في العديد من قواعد البيانات. فيما يلي أمثلة من مسارات KEGG لتحلل السكر بالخميرة

ب. برنامج نمذجة حسابية لإدخال جميع المعلمات والمعادلات والنماذج وحساب التركيزات لجميع الأنواع كدالة للوقت. تتضمن البرامج المجانية القابلة للتنزيل COPASI و Virtual Cell و Cell Designer. فيما يلي مثال لنموذج معين من Cell Designer لتحلل الخميرة مع العديد من التفاعلات الإضافية المتفرعة عن مسار التحلل الكلاسيكي.

كانت النتائج الحسابية من تحليلات تحلل الخميرة قادرة على ملاءمة البيانات التجريبية فقط إذا تم تصحيحها بإضافة عدة تفاعلات متفرعة (كما هو موضح في الأشكال أعلاه وأدناه):

ج. قائمة بجميع الأنواع المشاركة في المسار (كما هو موضح في الشكل أدناه لتحلل السكر وتفاعلات المتفرعة).

د. قائمة بجميع التفاعلات (الموضحة أدناه لتفاعلات تحلل السكر والتفاعلات المتفرعة ، مأخوذة من COPASI)

ه. معلمات من جميع الأنواع. يتم عرض مثال أدناه لـ hexokinase (مأخوذ من COPASI).

F. المعادلات التي يمكن استخدامها لحساب التغيير في تركيزات جميع الأنواع مع مرور الوقت. عادة ما تكون هذه معادلات تفاضلية عادية (ODE) كما هو موضح في الفصل 6 ب - حركية التفاعلات البسيطة والمحفزة بالإنزيم ، الأقسام ب 1: ردود الفعل أحادية الخطوة.) من السهل كتابة المعادلات التفاضلية ، ولكنها تتطلب جهاز كمبيوتر لحلها مع زيادة عدد الأنواع المتفاعلة .

يرد أدناه مثال لتفاعل كيميائي ومجموعة من ODE لكل نوع.

إذا أدى التفاعل إلى إزالة النوع X ، فإن الجانب الأيمن من ODE لاختفاء هذا النوع له علامة - لهذا المصطلح. وبالمثل ، إذا زاد التفاعل من الأنواع X ، فإن الجانب الأيمن له علامة +. تُظهر الأمثلة المذكورة أعلاه تفاعلات أحادية الجزيء (C إلى D ، C إلى A + B) وثنائية الجزيء (A + B إلى C).

يظهر أدناه مثال على ODE مأخوذ من COPASI للتغير في تركيز الجلوكوز 6 فوسفات.

تم تطوير قواعد البيانات التي تحتوي على نماذج منسقة مع جميع المعلومات المذكورة أعلاه للعديد من المسارات. تم العثور على نموذج تحلل السكر في الخميرة الموصوف أعلاه في قاعدة بيانات النماذج الحيوية. يمكن تنزيل النموذج ، BIOMD0000000064 ، كملف لغة ترميز بيولوجيا الأنظمة (SBML) واستيراده في أي من البرامج الموضحة أعلاه.
توضح الرسوم البيانية أدناه تركيزات كل الأنواع كدالة زمنية لتحلل الخميرة باستخدام COPASI.

المساهمون

  • البروفيسور هنري جاكوبوسكي (كلية سانت بنديكت / جامعة سانت جون)


شاهد الفيديو: كيف تعرف اذا بطارية سيارتك قربت تخرب (شهر نوفمبر 2022).