معلومة

مستودعات البيانات للبيانات الخاصة بالبيئة الدقيقة للورم؟

مستودعات البيانات للبيانات الخاصة بالبيئة الدقيقة للورم؟


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

هل يعرف أي شخص أي مستودعات بيانات للبيانات الخاصة بالبيئة الدقيقة للورم؟ أعرف قواعد بيانات أطلس السرطان الجيني وقواعد بيانات Omnibus للتعبير الجيني ، لكنني أكثر فضولًا بشأن البيانات المتعلقة بالتركيب (الجزيئي) لـ TME. (لدي فضول أيضًا بشأن أي قواعد بيانات بها بيانات أقل تحديدًا.)


هل شاهدت مستودع بيانات سرطان الأطفال بمستشفى سانت جود لبحوث الأطفال؟

لديهم مجموعة من البيانات حول مجموعة واسعة من أنواع مختلفة من سرطانات الأطفال. هذه كلها في شكل جينومات و RNA-seq. ومع ذلك ، لديهم أيضًا مجموعة من التصورات التي تم إعدادها بحيث يمكنك رؤية كيفية عمل هذه الملفات الشخصية من منظور الطفرات والحمض النووي الريبي في الأورام من جميع الأنواع.


موارد أبحاث DCB

يدعم DCB مجموعة متنوعة من الموارد المتاحة للعلماء الذين يدرسون السرطان لمساعدتهم في أبحاثهم. يتم تضمين أوصاف هذه الموارد والمعلومات حول كيفية الوصول إليها أدناه. إلى جانب أدوات البحث ، يشارك DCB المعلومات حول مجموعة عمل NIH Citizen Science Working Group.

تعد موارد NCI للباحثين دليلًا للأدوات والخدمات المدعومة من NCI للباحثين في مجال السرطان. معظم الموارد مجانية ومتاحة لأي شخص.

مستودع NCI Mouse Repository هو مورد ممول من NCI لنماذج سرطان الفئران والسلالات المرتبطة بها. يجعل المستودع السلالات متاحة لجميع أعضاء المجتمع العلمي (الأكاديمي ، وغير الربحي ، والتجاري). يتم تخزين سلالات NCI Mouse Repository بالتبريد وتوزيعها على أنها جرثومة مجمدة (أجنة و / أو حيوانات منوية).

MicroRNAs (miRNAs) هي جزيئات RNA صغيرة غير مشفرة معروفة بأنها تلعب دورًا مهمًا في العمليات الخلوية الأساسية من خلال التنظيم السلبي بعد النسخ للتعبير الجيني. في محاولة لمعالجة الدور الذي تلعبه microRNAs في سرطان الإنسان ، واستخدامها كأدوات تشخيصية ، ووظيفتها المحتملة كأهداف جديدة للتدخل العلاجي في علاج السرطان ، قسم بيولوجيا السرطان (DCB) في المعهد الوطني للسرطان ( NCI) دعم توليد الخلايا الجذعية الجنينية للفأر (mESCs) التي تؤوي معظم miRNAs الفأرية المعروفة. من أجل تعزيز المعلومات الجديدة التي تم الحصول عليها حول دورها في السرطان ، تم إنتاج 1501 خطًا معدلاً وراثيًا من mESC ، تؤوي جينات microRNA مشروطة.

لمزيد من المعلومات ، يرجى زيارة موقع NCI Mouse Repository.

دخلت NCI في شراكة مع المعهد الوطني للعلوم الطبية العامة (NIGMS) لتمويل بناء وإدارة أحدث خط شعاع بلوري الجزيئات السنكروترونية لتحديد هياكل الجزيئات الكبيرة المهمة بيولوجيًا. يقع خط الأشعة ، GM / CA CAT ، في Advanced Photon Source على أراضي Argonne National Lab خارج شيكاغو مباشرةً.

NCI لديها قدر كبير من وقت الشعاع المخصص لاستخدام الجهات الممنوحة لها. يجب على الباحثين المهتمين بإجراء التجارب في هذا المرفق الاتصال بخط الأشعة مباشرة أو إرسال بريد إلكتروني إلى الدكتور أنور أمين للحصول على معلومات إضافية.

بنك تشيرنوبيل للأنسجة (CTB)

يدعم DCB ويدير موارد الكائنات الحية التي تجمع وتخزن وتعالج وتنشر العينات البيولوجية البشرية (العينات البيولوجية) ومجموعة البيانات المرتبطة بالبحوث في بيولوجيا السرطان البشري. بنك تشيرنوبيل للأنسجة هو مشروع تعاوني دولي تدعمه NCI وشريك عالمي آخر ، بمشاركة نشطة من روسيا وأوكرانيا ، وهما دولتان تضررتا بشدة من حادث تشيرنوبيل عام 1986. الهدف من CTB هو إنشاء وصيانة مورد بحثي يدعم الدراسات المتعلقة ببيولوجيا سرطان الغدة الدرقية ، وهي النتيجة الصحية الرئيسية لحادث تشيرنوبيل.

لمزيد من المعلومات حول بنك الأنسجة هذا ، يرجى زيارة موقع بنك تشيرنوبيل للأنسجة.

السجل الدولي لمتلازمة ويرنر

السجل الدولي لمتلازمة ويرنر هو المستودع الأساسي للعينات والبيانات من المرضى الذين يعانون من متلازمة ويرنر (WS) ، وقد تم تأسيسه في عام 1988 كجزء من هدف استنساخ موضع الجين WS.

يتحقق السجل من حالات النسب الجديدة من جميع أنحاء العالم وأنماطها الجينية ، باستخدام الأرومات اللمفاوية و / أو الأرومات الليفية من المشاركين في الأبحاث البشرية ، ويوفر تأكيدًا وراثيًا لـ WS الكلاسيكي. كما أنه ينشئ ويحفظ بالتبريد خطوط الخلايا والمواد الأخرى من هذه النسب (كل من المرضى المصابين وإخوتهم غير المتأثرين سريريًا) ، بما في ذلك الخلايا الليمفاوية B للدم المحيطي المحولة Epstein-Barr ، الخلايا الليفية الجلدية الأولية ، الخلايا الليفية الجلدية الخالدة ، WRN cDNA ، وغيرها. كل هذه المواد متاحة للبحث.

لمزيد من المعلومات حول هذا السجل ، يرجى زيارة موقع Werner Syndrome Registry.

يوفر هذا المرفق الأساسي توليفًا مخصصًا وتوزيعًا للكواشف الرباعية MHC-peptide القابلة للذوبان والتي يمكن استخدامها لتلطيخ الخلايا التائية الخاصة بالمستضد. المرفق مدعوم بعقد من المعهد الوطني للحساسية والأمراض المعدية ، بمشاركة اللجنة التوجيهية من NCI من خلال DCB.

لمزيد من المعلومات حول هذا البرنامج ، يرجى زيارة موقع tetramer التابع لجامعة Emory.

الكواشف المتاحة للباحثين الممول من المعهد الوطني للسرطان

أنتجت شبكة Tumor Microenvironment (TMEN) عددًا من الموارد المتاحة الآن لباحثي السرطان الممول من المعهد الوطني للسرطان. تشمل هذه الموارد:

  • مصفوفة غنية باللامينين مشتقة من ساركوما EHS (Engelbreth-Holm-Swarm)
    • تتوفر مجموعة من المصفوفة خارج الخلية المشتقة من خلايا ساركوما EHS لأولئك الذين يعملون على نماذج ثلاثية الأبعاد لدراسة تفاعلات الورم المضيف.
    • CD10-PE / Cy5، CD140b-Biotin، CD16-PE / Cy5، CD18-PE / Cy5، CD20-PE / Cy5، CD24-FITC، CD24-PE، CD2-PE / Cy5، CD31-Biotin، CD3-PE / Cy5، CD44-APC، CD44-PE، CD45-PE / Cy5، CD45-PE / Cy7، CD64-Biotin، EGFR-FITC، EGFR-PE، EpCAM-APC، EpCAM-FITC، EpCAM-PE، H2Kd-Biotin، mCD45-PE / Cy5 ، SAV-PE / Cy5 ، SAV-PE / Cy7
    • بنك أورام يتكون من أورام صلبة في الثدي والقولون البشري تحتوي على طعم أجنبي. تم تخزين قوارير الخلايا السرطانية المجمدة من كل نوع من أنواع الورم للاستخدام. سيكون المتلقون مسؤولين عن تضخيم الخلايا الجذعية والعمل كبنك مركزي لمؤسستهم وكذلك المحققين الآخرين خارج مؤسستهم.
    • يحتوي هذا البنك على خلايا نخاع العظام من C57BL / 6J و C57BL / 6-Tg- (UBC-GFP) 30 خطوط فأرة Scha / J في قسامات محفوظة بالتبريد يمكن إعادة غرسها حسب الحاجة.
    • RCAS (A) -GFP - ناقل للفيروسات القهقرية لتعبير GFP في الفئران TVa. يجب إدخال الناقل في خلايا DF1 لتوليد الفيروس. عادة يتم إدخال خلايا DF1 نفسها في الفئران مباشرة.
    • RCAS (B) -DsRed - ناقل للفيروسات القهقرية لتعبير DsRed في الفئران TVb. يجب إدخال الناقل في خلايا DF1 لتوليد الفيروس. عادة يتم إدخال خلايا DF1 نفسها في الفئران مباشرة.

    يجب على الباحثين المهتمين بالحصول على هذه الكواشف الاتصال بالدكتور جيف هيلدسهايم ، قسم بيولوجيا السرطان ، المعهد القومي للسرطان ، للحصول على معلومات إضافية واستمارة طلب كاشف.

    العلوم الفيزيائية - مرفق أساسي للمصادر الحيوية لشبكة الأورام (PBCF)

    إن المرافق الأساسية لمصادر حيوية لشبكة علم الأورام (PBCF) للعلوم الفيزيائية (PBCF) هي مورد ممول من المعهد الوطني للسرطان في ATCC يضم مجموعة معتمدة من خطوط الخلايا غير الخبيثة والسرطانية ، وكواشف زراعة الخلايا ، وبروتوكولات التشغيل القياسية ذات الصلة المتاحة لجميع باحثي السرطان الممول من المعاهد الوطنية للصحة .

    تشمل ميزات PBCF ما يلي:
    • التكلفة المجانية لكل خط خلوي وكواشف (تُطبق رسوم الشحن والتعامل مع الأمبير)
    • تنشأ كل دفعة من خطوط الخلايا من نفس رقم التشغيلة ورقم المرور ، مما يجعل استخدامها مثاليًا للدراسات التعاونية
    • يتوفر 41 سلالة خلوية متميزة من 8 أنواع سرطانية ونظيراتها غير الخبيثة ، جميعها مزودة بإجراءات تشغيلية قياسية للثقافة
    • تتضمن الشحنة الأولى من كل خط خلوي مجموعة بادئ وسائط / كاشف (عند الطلب)
    • تتوفر بيانات الخصائص الجينومية والبروتينية والفيزيائية للعديد من خطوط الخلايا.

    يجب الإبلاغ عن مجموعات بيانات الأعمال المنشورة باستخدام خطوط خلايا PBCF إلى PBCF و NCI. للحصول على معلومات حول قائمة خطوط الخلايا المتاحة ونماذج الطلبات ، يرجى زيارة صفحة ويب المصدر الحيوي لشبكة العلوم الفيزيائية والأورام التابعة للمعهد الوطني للسرطان أو إرسال بريد إلكتروني إلى الدكتور ناستاران زاهر مع الأسئلة.

    بوابة معرفة تعقيدات السرطان

    يوفر مورد أبحاث المجتمع هذا معلومات حول البيانات والأبحاث والأدوات والمنشورات التي تم إنشاؤها من خلال اتحاد بيولوجيا أنظمة السرطان (CSBC) ، وشبكة العلوم الفيزيائية - علم الأورام (PS-ON) ، وهندسة الأنسجة التعاونية (TEC) والوصول إليها. .

    لمزيد من المعلومات ، يرجى زيارة بوابة معرفة تعقيد مرض السرطان.

    علوم الطب الحيوي والتعهيد الجماعي: مجموعة عمل علوم المواطنين في المعاهد الوطنية للصحة

    تبحث مجموعة العمل عبر المعاهد الوطنية للصحة هذه في فائدة وإمكانية دمج منهجيات علوم المواطن في البحوث الطبية الحيوية بطريقة تحافظ على المعايير العلمية والأخلاقية العالية للمعاهد الوطنية للصحة.

    علم المواطن هو نهج تعاوني للبحث الذي يشارك فيه الجمهور كمتعاونين وشركاء مباشرين في عملية البحث نفسها - وليس فقط كمواضيع للبحث أو مستشارين للبحث. يتخذ علم المواطن أشكالًا عديدة ، ويتضمن مجموعة متنوعة من الأساليب التي تستفيد من مهارات الإبداع وحل المشكلات للجمهور ومن البيانات والأفكار التي يجمعها المواطن والتي لا يمكن الحصول عليها من خلال الأساليب التقليدية.

    تقوم مجموعة العمل هذه بالتحقيق ومشاركة أفضل الممارسات والمشاركة في المناقشات مع الوكالات والمجموعات الأخرى التي تروج لعلوم المواطن في مجالات أخرى. تتكون مجموعة العمل من مسؤولي البرامج ، ومسؤولي المراجعة العلمية ، وغيرهم من جميع أنحاء المعاهد الوطنية للصحة المهتمين بتعزيز اعتماد وإدماج منهجية علوم المواطن في البحوث الطبية الحيوية.


    يحافظ محور البروتين المتفاعل - أ-ثيوردوكسين - موندو على هوية الخلايا التائية التنظيمية ووظيفتها في البيئة المكروية لسرطان القولون والمستقيم

    الخلفية والأهداف: السمات الأيضية ووظيفة الخلايا التائية التنظيمية داخل الورم (Tregs) غامضة في سرطان القولون والمستقيم. تتم إعادة برمجة Tregs المتسلل إلى الورم لإظهار خصائص عالية لاستنفاد الجلوكوز والتكيف مع البيئة المكروية المقيدة بالجلوكوز. يتم التعبير عن عامل النسخ المستجيب للجلوكوز MondoA بشكل كبير في Tregs. ومع ذلك ، لا يزال يتعين توضيح دور MondoA في تسلل Tregs لسرطان القولون والمستقيم استجابةً للحد من الجلوكوز.

    أساليب: أجرينا دراسات باستخدام الفئران ، حيث تم حذف MondoA بشروط في Tregs ، وأنسجة سرطان القولون والمستقيم البشرية. تم استخدام فرس البحر والمقايسات الأيضية الأخرى لتقييم استقلاب تريج. لدراسة دور Tregs في المناعة المضادة للأورام ، استخدمنا نموذج MC38 لسرطان القولون والمستقيم تحت الجلد وسرطان القولون والمستقيم المرتبط بالتهاب القولون في الفئران بواسطة azoxymethane و dextran sodium sulfate.

    نتائج: كشف تحليلنا لبيانات تسلسل الحمض النووي الريبي أحادي الخلية للمرضى المصابين بسرطان القولون والمستقيم أن تريجس داخل الورم تتميز بنشاط منخفض لمحور البروتين المتفاعل موندو أ-ثيوردوكسين (TXNIP) وزيادة امتصاص الجلوكوز. على الرغم من أن Tregs التي تعاني من نقص في MondoA كانت أقل قمعًا للمناعة وتم تعزيزها بشكل انتقائي لاستجابات T-helper (Th) من النوع 1 (Th1) في نموذج الورم MC38 تحت الجلد ، كانت فئران MondoA بالضربة القاضية الخاصة بـ Treg أكثر عرضة للإصابة بسرطان القولون والمستقيم الناجم عن azoxymethane-DSS. ميكانيكيًا ، عزز قمع محور MondoA-TXNIP امتصاص الجلوكوز وتحلل السكر ، وأدى إلى تحفيز فرط سكر الدم مثل Th17 ، مما سهل التهاب Th17 ، وعزز إنترلوكين 17A الناجم عن استنفاد خلايا CD8 + T ، وأدى إلى تسرطن القولون والمستقيم. أدى الحصار المفروض على الإنترلوكين 17A إلى تقليل تطور الورم وتقليل تعرض الفئران التي تعاني من نقص موندو A لسرطان القولون والمستقيم.

    الاستنتاجات: يعد محور MondoA-TXNIP منظمًا استقلابيًا مهمًا لهوية Treg ويعمل في البيئة الدقيقة لسرطان القولون والمستقيم وهدفًا واعدًا لعلاج السرطان.

    الكلمات الدالة: عامل النسخ الالتهاب الجلوكوز المثبط للمناعة.

    حقوق النشر © 2021 AGA Institute. تم النشر بواسطة Elsevier Inc. جميع الحقوق محفوظة.


    منحة جامعة واشنطن المفتوحة

    في العشرين عامًا الماضية ، خطت كل من البيولوجيا الحاسوبية وبيولوجيا السرطان خطوات كبيرة ، وفي السنوات الخمس الماضية ، ساعد اندماج الاثنين في إحداث ثورة في معرفتنا بالعلاج الموجه المخصص وتنوع السرطان. في السرطان ، تعتبر التفاعلات من خلية إلى خلية بين الخلايا السرطانية وبيئتها المكروية من المحددات الحاسمة لبيولوجيا أنسجة الورم والاستجابات العلاجية. التفاعلات بين خلايا الورم الأرومي الدبقي (GBM) والخلايا البطانية (ECs) تؤسس مكانة مزعومة للخلايا الجذعية. افترضنا أن الجينات التي تتوسط في هذه التفاعلات ستكون مهمة ، لا سيما كأهداف علاجية. باستخدام نهج حسابي جديد لتفكيك بيانات التعبير من الزراعة الفيزيائية المختلطة لخلايا GBM و ECs ، حددنا تنظيمًا غير موصوف سابقًا لـ cAMP محدد فسفودايستراز PDE7B في خلايا GBM استجابة لـ ECs. وجدنا أيضًا أن تعبير PDE7B المرتفع يحدث في معظم حالات GBM وله تأثير سلبي على البقاء على قيد الحياة. نتج عن الإفراط في التعبير عن PDE7B توسع مجموعة سكانية فرعية تشبه الخلايا الجذعية ، وزيادة عدوانية الورم ، وزيادة النمو في نموذج GBM داخل الجمجمة. توفر خوارزمية التفكيك هذه أداة جديدة لبيولوجيا السرطان ، لا سيما عند النظر إلى التفاعلات من خلية إلى أخرى ، وهذه النتائج تحدد PDE7B كهدف علاجي في GBM.


    مناقشة

    تساهم الخلايا اللحمية المناعية وغير المناعية المتسللة إلى الأنسجة في الإشارة المقاسة في تجارب التعبير الجيني. يمكن أن ينتج عن استرداد هذه المعلومات تقديرات لوفرة الخلايا المتسللة إلى الأنسجة [19] ، الموضحة هنا في عينات السرطان. لتسخير هذه المعلومات ، قمنا بتطوير طريقة MCP-counter ، التي تم تنفيذها في حزمة R سهلة الاستخدام.

    ينتج درجة لكل من عشرة نقاط مراقبة متميزة. لقد تحققنا من صحة أن هذه الدرجات عبارة عن تقديرات وفرة دقيقة في ثلاثة إعدادات مختلفة: أ) ملفات تعريف النسخ لـ 4804 عينة MCP للتحقق من الصحة ، حيث فصلت درجة عداد MCP العينات الإيجابية والسلبية (بالنسبة إلى كل من مجموعات الخلايا العشر) مع خصوصية عالية و حساسية ب) في إعداد خليط الحمض النووي الريبي في المختبر ، حيث أظهرنا أن درجات عداد MCP المقابلة لمجموعات الخلايا التي تم استخراج الحمض النووي الريبي منها ترتبط ارتباطًا وثيقًا (معاملات ارتباط بيرسون تتراوح من 0.93 إلى 0.99) مع جزء الحمض النووي الريبي من مجموعة الخلايا المقابلة في الخليط و ج) في بيئة خارج الجسم الحي حيث أظهرنا أن تقديرات عداد MCP مرتبطة بقياسات IHC لكثافات الخلايا المقابلة. باستخدام الإعداد في المختبر ، أظهرنا أن الحد الأدنى للكشف عن MCP-counter لمجموعة سكانية كان أقل من 2٪ من إجمالي نسبة الحمض النووي الريبي للعينة عند استخدام المصفوفات الدقيقة Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0. قد يتم تخفيض هذا الحد من الكشف عن طريق استخدام تقنيات التعبير الجيني الأكثر حساسية ، Nanostring ، أو فحوصات تسلسل الحمض النووي الريبي. لاحظنا باستمرار حدودًا منخفضة للكشف باستخدام بيانات qPCR لمجموعتين من الخلايا (الشكل 3 ج).

    تشمل التقنيات الأخرى للتوصيف الكمي للتركيب الخلوي للأنسجة غير المتجانسة بشكل خاص قياس التدفق الخلوي و IHC الأنزيمي. تقديرات عداد MCP قريبة من الناحية المفاهيمية من كثافات الخلايا المقدرة من IHC (عدد الخلايا لكل وحدة سطحية في قسم الأنسجة) ، حيث يمكن استخدام التقديرات المنتجة لمقارنة وفرة مجموعات الخلايا المقابلة عبر العينات. على عكس IHC ، فإن عداد MCP يتيح القياس الكمي المتزامن لعشر مجموعات من الخلايا مع تجربة تعبير جيني واحد ، بينما عادةً ما تقتصر الكميات IHC على بضع علامات. تُفقد المعلومات الخاصة بالتوطين المكاني للخلايا ، والتي تتوفر في تجارب المدينة ، عند استخدام تقنيات النسخ. قد يكون التأكيد النسيجي لتقديرات عداد MCP ضروريًا في الحالات التي يكون فيها تلوث العينات بالأنسجة المحيطة أمرًا لا مفر منه. يمكن أيضًا الاستفادة من بيانات تسلسل الحمض النووي لتقدير نسبة الخلايا مع مستقبلات الخلايا التائية المعاد ترتيبها أو موضع مستقبلات الخلايا البائية ، مما يوفر معلومات حول وفرة ومخزون هذين المجموعتين. ومع ذلك ، فإن المجموعات الثمانية الأخرى التي يوفر لها MCP-counter تقديرات غير قابلة للقياس الكمي باستخدام بيانات تسلسل الحمض النووي. ومع ذلك ، فإن دراسة استنساخ الخلايا التائية والخلايا البائية هي متغير مشترك مثير للاهتمام لاستكمال تقديرات الوفرة لهذه التجمعات من الخلايا ويمكن الوصول إليها من بيانات تسلسل الحمض النووي الريبي ، كما هو موضح مؤخرًا في عينات الورم [20-22].

    يعد MCP-counter أكثر حساسية وتحديدًا في تفسير درجاته من الطرق الأخرى المستندة إلى TM المنشورة سابقًا [11 ، 12] نتيجة للنهج الصارم وغير المتحيز والمحافظ لتحديد مجموعات TM التي تستند إليها ( الشكل 4 ب) ، والأهم من ذلك ، أنه تم التحقق من صحته تجريبياً (الشكل 3). وهو يختلف من الناحية المفاهيمية عن تجارب قياس التدفق الخلوي أو الأساليب الحسابية المستوحاة من قياس التدفق الخلوي مثل CIBERSORT [9] ، والتي تهدف إلى وصف النسب النسبية لمجموعات الخلايا المختلفة داخل عينة واحدة (الشكل 4 أ). في المقابل ، تم تصميم عداد MCP خصيصًا لمقارنة الوفرة المطلقة لمجموعة خلايا معينة عبر عينات متعددة.

    ترتبط نتائج MCP-counter خطيًا بوفرة الخلايا المقابلة عبر العينات ، ولكن يتم التعبير عنها بوحدات تعسفية. تعتمد هذه الوحدات التعسفية على منصة التعبير الجيني المستخدمة لإنتاج البيانات ويمكن للمرء فقط مقارنة العينات المنتجة باستخدام نفس منصات التعبير الجيني. ومع ذلك ، أظهرنا أن الوفرة الخلوية النسبية عبر ثلاث مجموعات كبيرة من بيانات الورم ، والتي يبلغ مجموعها أكثر من 19000 ورم والتي تم الحصول عليها من خلال ثلاث منصات مختلفة للتعبير الجيني ، متسقة إلى حد كبير (ملف إضافي 2: الشكل S10) ، مما يؤكد استخدام عداد MCP للتقييم العينات التي يتم اختراقها تقريبًا بواسطة كل مجموعة خلايا مميزة. ومع ذلك ، نظرًا لأن نتائج MCP-counter تعتمد على ميزات التعبير الجيني الملخصة (مثل القراءات لكل كيلو قاعدة لكل مليون) ، فقد تتأثر دقتها إذا كانت جودة هذا الملخص منخفضة. عادة ما تكون مجموعات الخلايا التي يتم تقدير وفرتها بواسطة عداد MCP بترددات منخفضة نسبيًا في عينات الأنسجة.وبالتالي ، فإن تسلسل العينات على عمق عالٍ (& 80 مليون قراءة لكل عينة) [23] ، والذي تم الإبلاغ عنه لتحسين القياس الكمي للنصوص النادرة ، قد يحسن دقة تقديرات عداد MCP من عينات تسلسل الحمض النووي الريبي.

    أوضحنا استخدام عداد MCP على الأنسجة البشرية غير المريضة ولاحظنا تقديرات الوفرة بما يتفق مع الحالة المناعية المعروفة للعينات. طبقنا MCP-counter لوصف متوسط ​​الوفرة الخلوية لـ MCP في 32 من الأورام الخبيثة البشرية غير المكونة للدم. أكد هذا التحليل ارتفاع الأوعية الدموية لسرطان الخلايا الكلوية الصافية وأظهر أن أورام سرطان الخلايا الحرشفية العنقية ، والتي غالبًا ما يتم تحفيزها فيروسيًا ، يتم اختراقها بشكل كبير بواسطة الخلايا اللمفاوية التائية ، وعلى وجه الخصوص ، الخلايا التائية السامة للخلايا ولكن بشكل معتدل فقط من قبل مجموعات فرعية مناعية أخرى. ظهرت نتائج أخرى أكثر إثارة للدهشة ، مثل الوفرة العالية للخلايا الليفية في البيئة المكروية للأورام اللحمية - والتي قد تنشأ من مجموعة فرعية من الخلايا السرطانية غير المتمايزة أو الأوعية الدموية المنخفضة نسبيًا لعينات سرطان الخلايا الكبدية - والذي ربما يرجع إلى النمط الظاهري الفريد لـ الخلايا البطانية في الكبد. يجب مقارنة MCP-counter في هذه الحالات بالمعرفة والبيانات التشريحية المرضية داخل سرطان معين.

    يعد MCP-counter أكثر صلة بتقسيم مجموعة من العينات المماثلة إلى طبقات بناءً على تكوين بيئاتها المناعية والسدوية الدقيقة ، أو لمتابعة تكوين البيئة المكروية بمرور الوقت. أكد استخدام MCP-counter أن الارتباطات أحادية المتغير المهمة بين OS وتسلل الورم بواسطة الخلايا الليمفاوية السامة للخلايا كانت في الغالب إيجابية [4]. في المقابل ، تبين أن الارتباطات المهمة بين الإنذار والوفرة الواسعة لمجموعات الخلايا اللحمية غير المناعية ، وعلى وجه الخصوص ، الخلايا الليفية كانت سلبية في الغالب باستخدام MCP-counter. هذه الملاحظات ، المتوافقة إلى حد كبير مع الأدبيات المنشورة [1 ، 4 ، 6 ، 7] ، تثبت صحة استخدام عداد MCP لتقييم القيمة الإنذارية لـ MCP في مجموعات أخرى من المرضى.

    يكمل MCP-counter مناهج IHC من حيث أنه يمكّن من تحليل عشر مجموعات من الخلايا باستخدام تجربة تعبير جيني واحد ، مما يتيح التوليد السريع لفرضيات البحث التي يمكن تأكيدها ودراستها مكانيًا باستخدام البيانات النسيجية. لقد أوضحنا بشكل خاص استخدامه لتصنيف سرطان الغدة الرئوية وأورام القولون والمستقيم وأورام الثدي بشكل منفصل في مجموعات فرعية محددة بالبيئة المكروية. في هذا الإعداد ، تمكنا من تأكيد التأثير النذير لثلاثة تصنيفات أورام قائمة على البيئة المكروية منشورة مسبقًا. تشير هذه النتائج إلى أن عداد MCP قد يمكّن من تحديد طبقات بيئية مكروية متعددة العلامات.

    يعتمد MCP-counter على TM التي تم تحديدها في مجموعة بيانات تحتوي على ملفات تعريف التعبير الجيني لخطوط الخلايا السرطانية من 21 موقعًا تشريحيًا مختلفًا بين عناصر التحكم السلبية ، مما يضمن قابلية التطبيق في مجموعة واسعة من العينات. ومع ذلك ، فإن هذا التنوع الكبير لعينات التحكم قد يتجاهل TM والتي ستكون ذات صلة في بيئة محددة: على سبيل المثال ، تجاهل إجراء الفحص NCAM1 (CD56) ، وهو علامة مستخدمة على نطاق واسع لخلايا NK ، حيث يتم التعبير عنها أيضًا بواسطة الخلايا الخبيثة العصبية. وبالتالي فهي غير مناسبة لتحديد عدد الخلايا القاتلة الطبيعية في عينات الدماغ. وبالتالي يمكن تصميم الإطار العام الذي قمنا بتطويره لتحديد ذاكرة الترجمة الإضافية للتحقيق في مجموعة أكثر تقييدًا من الأعضاء.

    يمكن دمج MCP-counter في الإجراءات السريرية لتوصيف التسلل المناعي في العينات حيث يكون القياس الكمي القائم على IHC مستحيلًا ، مثل خزعات الإبرة الدقيقة. في هذا الإعداد ، يتم عادةً جمع العينات واحدة تلو الأخرى. لاستكمال الاستخدام الحالي متعدد العينات لعداد MCP ، المصمم للتحليلات الاستكشافية ، يمكن للمرء أن يستقر بشكل خاص على منصة التعبير الجيني المطلوبة واستخدام مجموعة من عينات المعايرة. على سبيل المثال ، يمكن أن تساعد مخاليط الحمض النووي الريبي في المختبر الموصوفة هنا في تعيين درجات وفرة عداد MCP للوحدات غير التعسفية ، مثل النسبة المئوية للخلايا المقابلة داخل العينة. ومع ذلك ، قد يكون الضبط الخاص بالإعداد مطلوبًا للوصول إلى الموثوقية اللازمة للبروتوكولات السريرية.


    مراجع

    Reinbach، G. Ueber das Verhalten der Leukocyten bei malignen Tumoren. قوس. F. كلين. جريدة 46, 486–562 (1983).

    Lee، J. J.، Jacobsen، E. A.، McGarry، M. P.، Schleimer، R.P & amp Lee، N.A. الحمضات في الصحة والمرض: فرضية LIAR. كلين. إكسب. حساسية 40, 563–575 (2010).

    Rosenberg ، H. F. ، Dyer ، K.D & amp Foster ، P. S. Eosinophils: تغيير وجهات النظر في الصحة والمرض. نات. القس إمونول. 13, 9–22 (2013).

    Rothenberg ، M.E & amp Hogan ، S. P. الحمضات. Annu. القس إمونول. 24, 147–174 (2006).

    أندرسن ، سي إل وآخرون. ارتباط تعداد الحمضات في الدم مع الأورام الدموية الخبيثة والوفيات. أكون. J. هيماتول. 90, 225–229 (2015).

    Fulkerson ، P.C. عوامل النسخ في تطور الحمضات وكأهداف علاجية. أمام. ميد. 4, 115 (2017).

    ساندرسون ، C.J. Interleukin-5 ، الحمضات ، والمرض. دم 79, 3101–3109 (1992).

    Collins، P. D.، Marleau، S.، Griffiths Johnson، D.A، Jose، P. J. & amp Williams، T.J. ياء إكسب. ميد. 182, 1169–1174 (1995).

    روتنبرغ ، إم إي وآخرون. يستخدم التحويل المعتمد على IL-5 للحمضات البشرية المعيارية إلى النمط الظاهري منخفض الكثافة الخلايا الليفية 3T3 لتعزيز الحيوية ونقص الكثافة المتسارع والتسمم الخلوي المعتمد على الجسم المضاد. J. إمونول. 143, 2311–2316 (1989).

    ويلر ، ب.ف. & أمبيرسبنسر ، إل أ. وظائف الحمضات المقيمة في الأنسجة. نات. القس إمونول. 17, 746–760 (2017).

    لي ، جيه جيه وآخرون. الحمضات البشرية مقابل الفأر: "ما نسميه الحمضات ، بأي اسم آخر سوف يصبغ باللون الأحمر". كلين الحساسية. إمونول. 130, 572–584 (2012).

    لويس ، دي إم ، لويس ، جي سي ، لوجرينج ، دي إيه وأمبير جليش ، جي جي توطين البروتين الأساسي الرئيسي لحمض خنزير غينيا في قلب الحبيبة. J. خلية بيول. 77, 702–713 (1978).

    Egesten، A.، Alumets، J.، von Mecklenburg، C.، Palmegren، M. & amp Olsson، I. توطين البروتين الكاتيوني الحمضات ، والبروتين الأساسي الرئيسي ، و eosinophil peroxidase في الحمضات البشرية عن طريق تقنية مجهرية مناعية. J. هيستوكيم. سيتوتشيم. 34, 1399–1403 (1986).

    سبنسر ، إل إيه وآخرون. تعبر الحمضات البشرية بشكل أساسي عن العديد من السيتوكينات Th1 و Th2 والتنظيم المناعي التي يتم إفرازها بسرعة وبشكل تفاضلي. J. ليوكوك. بيول. 85, 117–123 (2009).

    Ayars ، G. H. ، Altman ، L.C ، Gleich ، G. J. ، Loegering ، D.A & amp Baker ، C.B. كلين الحساسية. إمونول. 76, 595–604 (1985).

    هامان ، ك.جيه وآخرون. قتل الميكروفيلاريا في المختبر بروجيا باهانجى و بروجيا الملايو بواسطة بروتينات الحبيبات اليوزينية. J. إمونول. 144, 3166–3173 (1990).

    هيساماتسو ، ك وآخرون. السمية الخلوية لحبيبات الحمضات البشرية البروتين الأساسي الرئيسي للغشاء المخاطي للجيوب الأنفية البشرية في المختبر. كلين الحساسية. إمونول. 86, 52–63 (1990).

    Kubo ، H. ، Loegering ، D.A ، Adolphson ، C.R & amp Gleich ، G.J. الخصائص السامة للخلايا من الحبيبات الحمضية البروتين الأساسي الرئيسي للخلايا السرطانية. كثافة العمليات قوس. الحساسية المناعية. 118, 426–428 (1999).

    أرلاندسون ، إم وآخرون. أكسدة اليوزينيات بيروكسيديز للثيوسيانات. توصيف منتجات التفاعل الرئيسية ونظام السمية الخلوي المحتمل الذي يستهدف السلفهيدريل. J. بيول. تشيم. 276, 215–224 (2001).

    ماكفرسون ، جيه سي وآخرون. الحمضات هي مصدر رئيسي للأكسدة المشتقة من أكسيد النيتريك في الربو الحاد: توصيف المسارات المتاحة للحمضات لتوليد أنواع النيتروجين التفاعلية. J. إمونول. 166, 5763–5772 (2001).

    Rosenberg ، H.F RNase a ribonucleases والدفاع المضيف: قصة متطورة. J. ليوكوك. بيول. 83, 1079–1087 (2008).

    يوكي ، إس وآخرون. يتوسط موت الخلايا في فخ الحمض النووي خارج الخلية في التحرر التحليلي لحبيبات الحمضات المؤهلة للإفراز في البشر. دم 121, 2074–2083 (2013).

    Melo، R.C & amp Weller، P. F. كشف تعقيد عضيات الجسم الدهنية في الحمضات البشرية. J. ليوكوك. بيول. 96, 703–712 (2014).

    باتل ، ف.ب وآخرون. التوصيف الجزيئي والوظيفي لاثنين من كيموكينات C-C البشرية الجديدة كمثبطات لفئتين متميزتين من أسلاف النخاع الشوكي. ياء إكسب. ميد. 185, 1163–1172 (1997).

    فورسمان ، يو وآخرون. Eotaxin-2 ، وهو chemokine جديد CC انتقائي لمستقبل chemokine CCR3 ، ويعمل مثل eotaxin على الحمضات البشرية والكريات البيض القاعدية. ياء إكسب. ميد. 185, 2171–2176 (1997).

    شينكاي ، إيه وآخرون. يُظهر كيموكين CC بشري جديد ، eotaxin-3 ، والذي يتم التعبير عنه في الخلايا البطانية الوعائية المحفزة IL-4 ، نشاطًا قويًا تجاه الحمضات. J. إمونول. 163, 1602–1610 (1999).

    Zimmermann، N.، Hershey، G.K، Foster، P. S. & amp Rothenberg، M.E Chemokines in asthma: التفاعل التعاوني بين الكيماويات و IL-13. كلين الحساسية. إمونول. 111، 227-242 مسابقة 243 (2003).

    Combadiere ، C. ، Ahuja ، S. K. & amp Murphy ، P. M. الاستنساخ والتعبير الوظيفي لمستقبل كيموكين الحمضات البشرية CC. J. بيول. تشيم. 270, 16491–16494 (1995).

    بوناث ، بي دي وآخرون. الاستنساخ الجزيئي وتوصيف مستقبل يوتاكسين البشري معبرًا بشكل انتقائي على الحمضات. ياء إكسب. ميد. 183, 2437–2448 (1996).

    دوجيرتي ، ب. ل. وآخرون. استنساخ وتعبير وتوصيف مستقبلات اليوزينيات البشرية. ياء إكسب. ميد. 183, 2349–2354 (1996).

    Bertrand، C.P & amp Ponath، P. D. CCR3 blockade كعلاج جديد للربو. خبير. رأي. التحقيق. المخدرات 9, 43–52 (2000).

    يانغ ، م وآخرون. يتعاون Eotaxin-2 و IL-5 في الرئة لتنظيم إنتاج IL-13 وزيادة فرط الحمضات في مجرى الهواء وفرط النشاط. كلين الحساسية. إمونول. 112, 935–943 (2003).

    بوب ، إس إم وآخرون. يحث IL-13 على تجنيد الحمضات في الرئة بواسطة آلية تعتمد على IL-5 و eotaxin. كلين الحساسية. إمونول. 108, 594–601 (2001).

    إليارد ، ج. آي وآخرون. يوتاكسين يربط بشكل انتقائي الهيبارين. تفاعل يحمي eotaxin من التحلل البروتيني ويقوي النشاط الكيميائي في الجسم الحي. J. بيول. تشيم. 282, 15238–15247 (2007).

    Simson، L. et al. تنظيم التسرطن بواسطة IL-5 و CCL11: دور محتمل للحمضات في المراقبة المناعية للورم. J. إمونول. 178, 4222–4229 (2007).

    هونغ ، ك وآخرون. الدور المركزي لخلايا CD4 + T في الاستجابة المناعية المضادة للورم. ياء إكسب. ميد. 188, 2357–2368 (1998).

    Zaynagetdinov، R. et al. يسهل إنترلوكين -5 ورم خبيث في الرئة عن طريق تعديل البيئة المكروية المناعية. الدقة السرطان. 75, 1624–1634 (2015).

    إيكوتاني ، إم وآخرون. تحديد الخلايا الفطرية المنتجة لـ IL-5 ودورها في تنظيم الحمضات في الرئة والمناعة المضادة للورم. J. إمونول. 188, 703–713 (2012).

    تشو ، هـ وآخرون. الحمضات في أورام القولون والمستقيم المرتبطة بالتعبير عن CCL11 و CCL. J. باتول. ترجمة. ميد. 50, 45–51 (2016).

    Teruya-Feldstein، J. et al. التعبير الكيميائي التفاضلي في الأنسجة المتضمنة في مرض هودجكين: الارتباط المباشر لتعبير يوتاكسين وفرط الحمضات في الأنسجة. دم 93, 2463–2470 (1999).

    Lorena، S. C.، Oliveira، D. T.، Dorta، R.G، Landman، G. & amp Kowalski، L. P. عن طريق الفم. ديس. 9, 279–283 (2003).

    Reichman ، H. et al. تمارس الحمضات المنشطة أنشطة مضادة للأورام في سرطان القولون والمستقيم. السرطان المناعي. الدقة. 7, 388–400 (2019). هذه الدراسة هي الأولى التي تُخضع الحمضات داخل الورم لتسلسل الحمض النووي الريبي بكميات كبيرة ، والتي كشفت عن توقيع قوي مرتبط بـ IFNγ للحمضات التي من المحتمل أن تتوسط في أنشطتها المضادة للأورام في CRC.

    تشيدل ، إي جيه وآخرون. Eotaxin-2 وسرطان القولون والمستقيم: هدف محتمل للعلاج المناعي. كلين. الدقة السرطان. 13, 5719–5728 (2007).

    جندت ، إف وآخرون. تحفز خلايا هودجكين / ريد-ستيرنبرج الأرومات الليفية على إفراز eotaxin ، وهو عامل جذب كيميائي قوي للخلايا التائية والحمضات. دم 94, 2065–2071 (1999).

    لطفي ، آر ، لي ، جيه جيه ، أمب لوتزي ، إم تي ، الخلايا الحبيبية اليوزينية وجزيئات النمط الجزيئي المرتبطة بالتلف (DAMPs): دور في الاستجابة الالتهابية داخل الأورام. J. إيمونوثر. 30, 16–28 (2007).

    Shik ، D. ، Moshkovits ، I. ، Karo-Atar ، D. ، Reichman ، H. & amp Munitz ، A. يتطلب Interleukin-33 تعبيرًا يشبه جزيء 1 CMRF35 لتحريض تنشيط الخلايا النخاعية. حساسية 69, 719–729 (2014).

    Dyer، K.D & amp Rosenberg، H.F. التركيزات الفسيولوجية لـ HMGB1 ليس لها تأثير على بقاء الحمضات بوساطة السيتوكين أو الانجذاب الكيميائي استجابة لـ eotaxin-2 (CCL24). بلوس واحد 10، e0118887 (2015).

    Lin، F.، Xue، D.، Xie، T. & amp Pan، Z. HMGB1 يعزز التخليق الكيميائي الخلوي ويقوي هجرة الخلايا اللحمية اللحمية الوسيطة عبر تنشيط Rap1. مول. ميد. اعادة عد. 14, 1283–1289 (2016).

    Liew ، F. Y. ، Girard ، J.P & amp Turnquist ، H.R. Interleukin-33 في الصحة والمرض. نات. القس إمونول. 16, 676–689 (2016).

    Liew ، F. Y. ، Pitman ، N. I. & amp McInnes ، I.B. الوظائف المرتبطة بمرض IL-33: الطفل الجديد في عائلة IL-1. نات. القس إمونول. 10, 103–110 (2010).

    Pecaric-Petkovic، T.، Didichenko، S. A.، Kaempfer، S.، Spiegl، N. & amp Dahinden، C. A. الخلايا القاعدية البشرية والحمضات هي الكريات البيض المستهدفة المباشرة لعائلة IL-1 الجديدة من IL-33. دم 113, 1526–1534 (2009).

    Curran، C. S. & amp Bertics، P.J. الحمضات البشرية تعبر عن RAGE ، وتنتج روابط RAGE ، وتعرض الفسفرة PKC-δ وتعزز قابلية البقاء استجابةً لـ RAGE ligand ، S100B. كثافة العمليات إمونول. 23, 713–728 (2011).

    تشو ، في ت. وآخرون. تعزز الحمضات إنتاج خلايا البلازما المعبرة عن الغلوبولين المناعي والحفاظ عليها وتساهم في التوازن المناعي المعوي. حصانة 40, 582–593 (2014).

    كورمير ، إس إيه وآخرون. تقدم محوري: تسلل الحمضات للأورام الصلبة هو استجابة التهابية مبكرة ومستمرة. J. ليوكوك. بيول. 79, 1131–1139 (2006).

    Lee، J. J. & amp Lee، N. A. تحلل الحمضات: أثر تطوري أم وظيفة مؤثر مدمر عالميًا؟ كلين. إكسب. حساسية 35, 986–994 (2005).

    دينيس ، ك.ل وآخرون. الزوائد اللحمية الغدية ناتجة عن التهاب بؤري محرض بالميكروبات ويتم التحكم فيه بواسطة الخلايا التائية المنتجة للإنترلوكين 10. الدقة السرطان. 73, 5905–5913 (2013).

    Svensson، L. & amp Wenneras، C. تتعرف الحمضات البشرية بشكل انتقائي وتنشط بواسطة البكتيريا التي تنتمي إلى مجموعات تصنيفية مختلفة. الميكروبات تصيب. 7, 720–728 (2005).

    Bruijnzeel، P. L. et al. هجرة اليوزينيات في التهاب الجلد التأتبي. الأول: الهجرة المتزايدة إلى استجابات ن- فورميل - ميثيونيل - ليوسيل - فينيل ألانين ، عامل تنشيط العدلات ، عامل تنشيط الصفائح الدموية ، وعامل الصفائح الدموية 4. J. الاستثمار. ديرماتول. 100, 137–142 (1993).

    Svensson، L. et al. المواد المسببة للحساسية لعث غبار المنزل تنشط الحمضات البشرية عبر مستقبلات الببتيد الفورميل ومستقبلات الببتيد الفورميل 1. يورو. J. إمونول. 37, 1966–1977 (2007).

    دا سيلفا ، جي إم وآخرون. أهمية محور CCL3 / CCR5 في التسرطن الفموي. Oncotarget 8, 51024–51036 (2017).

    Hirai، H. et al. تراكم الخلايا النخاعية بوساطة CCR1 في البيئة المكروية للكبد يعزز ورم خبيث لسرطان القولون في الفئران. كلين. إكسب. الانبثاث 31, 977–989 (2014).

    Gatault، S.، Legrand، F.، Delbeke، M.، Loiseau، S. & amp Capron، M. مشاركة الحمضات في الاستجابة المضادة للورم. السرطان المناعي. مناعي. 61, 1527–1534 (2012).

    ديفيس ، ب. وأمبير روتنبرغ ، إم إي الحمضات والسرطان. السرطان المناعي. الدقة. 2, 1–8 (2014).

    Qian ، B. Z. & amp Pollard ، J.W. تنوع البلاعم يعزز تطور الورم والورم الخبيث. زنزانة 141, 39–51 (2010).

    Biswas ، S. K. & amp Mantovani ، A. مرونة Macrophage والتفاعل مع مجموعات فرعية من الخلايا الليمفاوية: السرطان كنموذج. نات. إمونول. 11, 889–896 (2010).

    فريدليندر ، زد جي وآخرون. استقطاب النمط الظاهري للعدلات المرتبطة بالورم بواسطة TGF-β: "N1" مقابل "N2" TAN. الخلايا السرطانية 16, 183–194 (2009).

    ميسنيل ، سي وآخرون. تمثل الحمضات المقيمة في الرئة مجموعة فرعية تنظيمية للخلايا الحمضية. J. كلين. استثمار. 126, 3279–3295 (2016). تكشف هذه الدراسة عن مجموعتين متميزتين من الحمضات يظهران أنشطة متعارضة في رئتي الفئران المصابة بمسببات الحساسية..

    فوربيرت هاريس ، بي إم وآخرون. تنظم الحمضات المنشط جزيء مثبط ورم خبيث E-cadherin على خلايا ورم البروستاتا. خلية مول. بيول. 49, 1009–1016 (2003).

    مونيتز ، إيه وآخرون. يتم التعبير عن 2B4 (CD244) ويعمل على الحمضات البشرية. J. إمونول. 174, 110–118 (2005).

    Kataoka، S.، Konishi، Y.، Nishio، Y.، Fujikawa-Adachi، K. & amp Tominaga، A. نشاط Antitumor من الحمضات التي تنشط بواسطة IL-5 و eotaxin ضد سرطان الخلايا الكبدية. بيول خلية الحمض النووي. 23, 549–560 (2004).

    لوكاريني ، ف. وآخرون. يقيد IL-33 نمو الورم ويمنع ورم خبيث رئوي في الفئران الحاملة للورم الميلانيني من خلال الحمضات. علم الأورام 6، e1317420 (2017).

    جاتولت ، إس وآخرون. يشارك IL-18 في نشاط مبيد الأورام بوساطة الحمضات ضد خط خلايا سرطان القولون عن طريق تنظيم LFA-1 و ICAM-1. J. إمونول. 195, 2483–2492 (2015).

    ليجراند ، إف وآخرون. تمارس الحمضات البشرية نشاط TNF-α و Granzyme A بوساطة مبيدات الأورام تجاه خلايا سرطان القولون. J. إمونول. 185, 7443–7451 (2010).

    أندريون ، إس وآخرون. يعزز IL-33 التصاق الحمضات بوساطة CD11b / CD18 بالخلايا السرطانية واستقطاب التشابك العصبي مما يؤدي إلى قتل الخلايا السرطانية. السرطانات 11, 1664 (2019).

    Taylor، R.، Lee، T. D. & amp Hoskin، D.W. التصاق الحمضات المبيدة للأورام بخلايا سرطانة القولون MCA-38 ينطوي على تنشيط بروتين التيروزين كيناز ويتضاءل بسبب ارتفاع AMP الدوري في الخلية المستجيبة. كثافة العمليات J. أونكول. 13, 1305–1311 (1998).

    Graziano، R. F.، Looney، R. J.، Shen، L. & amp Fanger، M.W FcγR بوساطة القتل بواسطة الحمضات. J. إمونول. 142, 230–235 (1989).

    فوربيرت هاريس ، بي إم وآخرون. تتسلل الحمضات المنشط إلى الأجسام الشبه الكروية للورم متعدد الخلايا MCF-7. الدقة المضادة للسرطان. 23, 71–78 (2003).

    ماتيس ، جيه وآخرون. العلاج المناعي للأورام المقاومة للخلايا التائية السامة للخلايا بواسطة الخلايا التائية المساعدة 2: عملية تعتمد على eotaxin و STAT6. ياء إكسب. ميد. 197, 387–393 (2003).

    شينغ ، واي وآخرون. تمنع الحمضات التي يسببها CCL11 تكوين الأوعية الدموية وتسبب نخر الورم. خلية الجينات 21, 624–638 (2016).

    Yaffe ، L.J & amp Finkelman ، F. D. تحريض مستقبل الخلايا الليمفاوية B لعامل استبدال الخلايا التائية عن طريق الربط المتشابك لـ IgD السطحي. بروك. ناتل أكاد. علوم. الولايات المتحدة الأمريكية 80, 293–297 (1983).

    Carretero، R. et al. تنظم الحمضات رفض السرطان عن طريق تطبيع الأوعية الورمية وتعزيز تسلل خلايا CD8 + T. نات. إمونول. 16, 609–617 (2015). تُظهر هذه الدراسة الأنيقة أن الحمضات تشكل TME من خلال تنظيم الأوعية الدموية ، وتوضح كذلك أن الحمضات التي تنشط IFNγ وتنشط TNF تعزز رفض الورم عن طريق تعزيز CD8 + تجنيد الخلايا التائية وانحراف استقطاب البلاعم.

    Xie ، F. وآخرون. يعزز التسلل والتنظيم الوظيفي للحمضات الناجم عن TSLP تكاثر خلايا سرطان عنق الرحم. ليت السرطان. 364, 106–117 (2015).

    تشانغ ، ب وآخرون. يعزز TSLP تكوين الأوعية الدموية للخلايا البطانية للوريد السري البشري عن طريق تقوية الحديث المتبادل بين خلايا سرطان عنق الرحم والحمضات. اونكول. بادئة رسالة. 14, 7483–7488 (2017).

    ستاثوبولوس ، جي تي وآخرون. يعزز الإنترلوكين -5 المشتق من المضيف الانصباب الجنبي الخبيث الناجم عن السرطان الغدي. أكون. J. ريسبير. كريت. كير ميد. 182, 1273–1281 (2010).

    إيرو ، ن. وآخرون. العلاقة بين المظهر الجزيئي الالتهابي لسرطان الثدي وتطور ورم خبيث بعيد. بلوس واحد 7، e49047 (2012).

    Martinelli-Klay ، C. P. ، Mendis ، B. R. & amp Lombardi ، T. الحمضات وسرطان الخلايا الحرشفية الفموي: مراجعة قصيرة. J. أونكول. 2009, 310132 (2009).

    Wong، D. T.، Bowen، S. M.، Elovic، A.، Gallagher، G. T. & amp Weller، P. F. عن طريق الفم. اونكول. 35, 496–501 (1999).

    بوكسيدو ، آي وآخرون. تحفز الحمضات في الدم المحيطي البشري تكوين الأوعية الدموية. كثافة العمليات J. Biochem. خلية بيول. 37, 628–636 (2005).

    باناجوبولوس ، ف.آخرون. تعزز البيروكسيدات الالتهابية تطور سرطان الثدي لدى الفئران عن طريق تنظيم البيئة الدقيقة للورم. كثافة العمليات J. أونكول. 50, 1191–1200 (2017).

    والش ، إم تي ، كونيل ، ك. ، شيهان ، إيه إم ، جليش ، جي جي وأمبير كوستيلو ، آر دبليو.إشارات بيروكسيداز الحمضات عبر عامل نمو البشرة -2 للحث على تكاثر الخلايا. أكون. J. ريسبير. خلية مول. بيول. 45, 946–952 (2011).

    هينيغان ، ك وآخرون. ينشط بيروكسيديز الحمضات الخلايا عن طريق ارتباط مستقبلات HER2 وتجمع β1- إنتجرين مع إشارات خلية MAPK المصب. كلين. إمونول. 171, 1–11 (2016).

    Curran، C. S.، Evans، M.D & amp Bertics، P. J. GM-CSF بواسطة خلايا الورم الأرومي الدبقي له دور وظيفي في بقاء الحمضات وتنشيطها وإنتاج عامل النمو لتعزيز تكاثر الخلايا السرطانية. J. إمونول. 187, 1254–1263 (2011).

    ياسوكاوا ، إيه وآخرون. تعزز الحمضات الانتقال الظهاري إلى اللحمة المتوسطة للخلايا الظهارية القصبية. بلوس واحد 8، e64281 (2013).

    كراتوتشفيل ، إف وآخرون. يوازن عامل نخر الورم ظهور الضامة الورمية M2. مندوب الخلية. 12, 1902–1914 (2015).

    Odemuyiwa، S. O. et al. أحدث التقنيات: تنظم الحمضات البشرية اختيار مجموعة فرعية من الخلايا التائية من خلال indoleamine 2،3-dioxygenase. J. إمونول. 173, 5909–5913 (2004).

    أستيجيانو ، إس وآخرون. تمثل الخلايا الحبيبية الحمضات هروبًا مناعيًا بوساطة إندوليمين 2،3-ديوكسجيناز في سرطان الرئة ذو الخلايا غير الصغيرة البشرية. الأورام 7, 390–396 (2005).

    سايمون ، إتش يو وآخرون. Interleukin-2 يطور تحلل الحمضات في فرط اليوزينيات ومتلازمة ويلز. يورو. J. إمونول. 33, 834–839 (2003).

    سوسمان ، جيه إيه وآخرون. دليل على تنشيط الحمضات في مرضى السرطان الذين يتلقون إنترلوكين 4 المؤتلف: آثار إنترلوكين 4 وحده وبعد إعطاء إنترلوكين -2. كلين. الدقة السرطان. 1, 805–812 (1995).

    إليم ، ك. إيه وآخرون. تقرير حالة: الاستجابات المناعية والمسار السريري لأول استخدام بشري للخلايا المحببة / الخلايا الضامة المحفزة للعامل المحفز لعامل الميلانوما الذاتي للعلاج المناعي. السرطان المناعي. مناعي. 44, 10–20 (1997).

    جيبهاردت ، سي وآخرون. الخلايا النخاعية والعوامل الالتهابية المزمنة ذات الصلة كعلامات تنبؤية جديدة في علاج سرطان الجلد باستخدام إيبيليموماب. كلين. الدقة السرطان. 21, 5453–5459 (2015).

    Webster، R. M. مثبطات نقاط التفتيش المناعية: أين نحن الآن؟ نات. القس المخدرات. اكتشاف. 13, 883–884 (2014).

    Pardoll ، D. M. الحصار المفروض على نقاط التفتيش المناعية في العلاج المناعي للسرطان. نات. القس السرطان 12, 252–264 (2012).

    Martens، A. et al. المؤشرات الحيوية للدم المحيطي الأساسية المرتبطة بالنتائج السريرية لمرضى سرطان الجلد المتقدم الذين عولجوا باستخدام إيبيليموماب. كلين. الدقة السرطان. 22, 2908–2918 (2016).

    لانج ، ب.م وآخرون. البقاء على قيد الحياة على المدى الطويل مع العوامل العلاجية الحديثة ضد سرطان الجلد النقيلي - vemurafenib و ipilimumab في بيئة الحياة اليومية. ميد. اونكول. 35, 24 (2018).

    Moreira، A.، Leisgang، W.، Schuler، G. & amp Heinzerling، L. تعد الحمضات كمؤشر حيوي لتشخيص مرضى سرطان الجلد وأهميته في الاستجابة للعلاج المناعي. العلاج المناعي 9, 115–121 (2017).

    هود ، آي وآخرون. تتنبأ أعداد الكريات البيض والحمضات بالبقاء على قيد الحياة بدون تقدم في مرضى سرطان الغدد الليمفاوية هودجكين الكلاسيكيين الذين يعانون من الانتكاس أو المقاومة للعلاج بتثبيط PD1. Br. J. هيماتول. 181, 837–840 (2018).

    وايد ، ب. وآخرون. المؤشرات الحيوية الأساسية لنتائج مرضى سرطان الجلد الذين عولجوا باستخدام بيمبروليزوماب. كلين. الدقة السرطان. 22, 5487–5496 (2016).

    Rafei-Shamsabadi، D.، Lehr، S.، von Bubnoff، D. & amp Meiss، F. العلاج المركب الناجح لمثبطات نقاط التفتيش الجهازية والإنترلوكين 2 داخل الآفة في المرضى الذين يعانون من الورم الميلانيني النقيلي مع المقاومة العلاجية الأولية لمثبطات نقاط التفتيش وحدها. السرطان المناعي. مناعي. 68, 1417–1428 (2019).

    Alenmyr، L. et al. يعمل حصار CTLA-4 على تعزيز التهاب مجرى الهواء لدى الفئران الساذجة المعرضة لمسببات الحساسية المسببة للاحتباس الحراري ، ولكنها تفشل في منع تحمل الاستنشاق. سكاند. J. إمونول. 62, 437–444 (2005).

    زينج ، إكس وآخرون. يعمل الحصار CTLA4 على تعزيز تطبيع الأوعية الدموية في أورام الثدي عن طريق تراكم الحمضات. كثافة العمليات J. السرطان 146, 1730–1740 (2020). تقدم هذه الدراسة أول دليل ميكانيكي على أن الحمضات هي خلايا فاعلة مهمة في الاستجابة المضادة للأورام الناتجة عن الحصار المفروض على CTLA4.

    هاوس ، آي جي وآخرون. مطلوب CXCL9 و CXCL10 المشتق من البلاعم للاستجابات المناعية المضادة للورم بعد الحصار المناعي. كلين. سرطان. الدقة. 26, 487–504 (2019).

    وولف ، إم تي وآخرون. البيئة المكروية المناعية من النوع 2 المرتبطة بالسقالة البيولوجية تمنع تكوين الورم وتتآزر مع العلاج المناعي لنقطة التفتيش. علوم. ترجمة. ميد. 11، eaat7973 (2019).

    Spolski، R.، Li، P. & amp Leonard، W. J. علم الأحياء وتنظيم IL-2: من الآليات الجزيئية إلى العلاج البشري. نات. القس إمونول. 18, 648–659 (2018).

    Rosenberg، S. A. IL-2: أول علاج مناعي فعال لسرطان الإنسان. J. إمونول. 192, 5451–5458 (2014).

    فان جول ، إف وآخرون. تتحكم الخلايا اللمفاوية الفطرية من المجموعة الثانية المنتجة للإنترلوكين -5 في فرط الحمضات الناتج عن العلاج بالإنترلوكين -2. دم 124, 3572–3576 (2014).

    Huland، E. & amp Huland، H. فرط الحمضات المصاحب للورم في المرضى الذين عولجوا بالإنترلوكين -2: دليل على تحلل الحمضات السام على خلايا سرطان المثانة. J. السرطان الدقة. كلين. اونكول. 118, 463–467 (1992).

    عبد الوهاب ، ز. وآخرون. يقلل انتقال خلايا الورم الميلانيني البشري بجين إنترلوكين 2 من تكوّن الأورام ويعزز مناعة المضاد المضاد للورم: نموذج الفأر العاري. خلية إمونول. 159, 26–39 (1994).

    ريفولتيني ، ل. وآخرون. نشاط مضاد للأورام في المختبر للحمضات من مرضى السرطان الذين عولجوا بإعطاء الإنترلوكين تحت الجلد 2. دور الإنترلوكين 5. كثافة العمليات J. السرطان 54, 8–15 (1993).

    فلاد ، أ.م وآخرون. تجربة المرحلة الثانية من الانترلوكين 2 داخل الصفاق في المرضى الذين يعانون من سرطان المبيض المقاوم للبلاتين أو البلاتين المقاوم للحرارة. السرطان المناعي. مناعي. 59, 293–301 (2010).

    Ruffell، B.، DeNardo، D.G، Affara، N.I & amp Coussens، L.M. الخلايا الليمفاوية في تطور السرطان: الاستقطاب نحو مناعة مؤيدة للورم. القس عامل النمو السيتوكيني. 21, 3–10 (2010).

    Reichman ، H. ، Karo-Atar ، D. & amp Munitz ، A. الأدوار الناشئة للحمضات في البيئة الدقيقة للورم. اتجاهات السرطان 2, 664–675 (2016).

    Widmer، M.B، Acres، R.B، Sassenfeld، H. M. & amp Grabstein، K.H. ياء إكسب. ميد. 166, 1447–1455 (1987).

    Rothenberg، M. E.، Luster، A. D. & amp Leder، P. Murine eotaxin: جاذب كيميائي يوزينوفيل محفز في الخلايا البطانية وفي تثبيط الورم الناجم عن الإنترلوكين 4. بروك. ناتل أكاد. علوم. الولايات المتحدة الأمريكية 92, 8960–8964 (1995).

    Tepper ، R. I. ، Pattengale ، P. K. & amp Leder ، P. Murine interleukin-4 يعرض نشاطًا قويًا مضادًا للورم في الجسم الحي. زنزانة 57, 503–512 (1989).

    خزاعي ، ك وآخرون. يرتبط استمرار الخلايا السرطانية الخاملة في نخاع عظم الفئران المحصنة بالخلايا السرطانية بالحماية المناعية طويلة المدى. بروك. ناتل أكاد. علوم. الولايات المتحدة الأمريكية 91, 7430–7434 (1994).

    Tepper ، R. I. ، Coffman ، R. L. & amp Leder ، P. آلية تعتمد على الحمضات للتأثير المضاد للأورام للإنترلوكين -4. علم 257, 548–551 (1992). توضح هذه الدراسة أن التعبير التأسيسي لـ IL-4 في الفئران العارية الرياضية يؤدي إلى تسلل الحمضات المرتبط بالورم المرتبط بانخفاض نمو الورم ، مما يحفز إجراء مزيد من التحقيقات في دور الحمضات في السرطان..

    صالح ، م. دور MIL-4 المشتق من الورم على انحدار الورم الدبقي C6 الفئران. كثافة العمليات J. أونكول. 10, 1223–1227 (1997).

    Addison، C.، Gauldie، J.، Muller، W. & amp Graham، F. ناقل غدي غدي يعبر عن إنترلوكين 4 ينظم الأورام ويحث على الانحدار في نموذج سرطان الثدي لدى الفئران. كثافة العمليات J. أونكول. 7, 1253–1260 (1995).

    جاو ، ك وآخرون. ينشط التعبير الجيني لـ IL-33 خلايا CD8 + T وخلايا NK ويمنع نمو الورم والورم الخبيث في الفئران. ليت السرطان. 335, 463–471 (2013).

    Perales-Puchalt، A. et al. يؤخر IL-33 تطور سرطان البريتوني النقيلي الذي يسبب الحساسية في البيئة الدقيقة. علم الأورام 8، e1515058 (2019).

    هولاند ، سي وآخرون. يكشف تثبيط dipeptidyl peptidase DPP4 (CD26) عن التحكم بوساطة الحمضات المعتمد على IL-33 في نمو الورم. نات. إمونول. 20, 257–264 (2019).

    Lu ، B. ، Yang ، M. & amp Wang ، Q. Interleukin-33 في تكوين الأورام ، التهرب المناعي للورم ، والعلاج المناعي للسرطان. جيه مول. ميد. 94, 535–543 (2016).

    Dougan، M.، Dranoff، G. & amp Dougan، S. K. GM-CSF، IL-3، and IL-5 family of cytokines: regulators ofitis. حصانة 50, 796–811 (2019).

    Hoeller، C.، Michielin، O.، Ascierto، P. A.، Szabo، Z. & amp Blank، C.U مراجعة منهجية لاستخدام عامل تحفيز مستعمرة الخلايا الضامة المحببة في المرضى المصابين بسرطان الجلد المتقدم. السرطان المناعي. مناعي. 65, 1015–1034 (2016).

    Dranoff، G. et al. التطعيم بالخلايا السرطانية المشععة المصممة لإفراز عامل تحفيز مستعمرة البلاعم الفأري يحفز مناعة قوية ومحددة وطويلة الأمد ضد الأورام. بروك. ناتل أكاد. علوم. الولايات المتحدة الأمريكية 90, 3539–3543 (1993).

    ماكنيل ، دي جي وآخرون. ترتبط الزيادة العابرة في الحمضات بالبقاء لفترات طويلة لدى الرجال المصابين بسرطان البروستاتا النقيلي المقاوم للإخصاء والذين يتلقون sipuleucel-T. السرطان المناعي. الدقة. 2, 988–999 (2014).

    كوريالي ، ب. وآخرون. علاج الخط الثاني لسرطان الرئة ذو الخلايا غير الصغيرة بواسطة الجيمسيتابين و docetaxel ± المحببات - عامل تحفيز مستعمرة البلاعم والجرعة المنخفضة من الألديسلوكين. بيول السرطان. هناك. 8, 497–502 (2009).

    يانغ ، د. وآخرون. يعمل السم العصبي المشتق من الحمضات بمثابة إنذار لتنشيط مسار إشارة TLR2 – MyD88 في الخلايا المتغصنة ويعزز الاستجابات المناعية Th2. ياء إكسب. ميد. 205, 79–90 (2008).

    Klion ، A. D. ، Ackerman ، S.J & amp Bochner ، B. S. مساهمات الحمضات في صحة الإنسان والمرض. Annu. القس باتول. 15, 179–209 (2020).

    كوانغ ، ف.ل وآخرون. النتائج السريرية طويلة المدى للعلاج بجرعة عالية من عقار ميبوليزوماب لمتلازمة فرط اليوزينيات. كلين الحساسية. إمونول. الممارسة. 6، 1518-1527 هـ (2018).

    مورفي ك وآخرون. السلامة على المدى الطويل وفعالية عقار ريزليزوماب في مرضى الربو اليوزيني. كلين الحساسية. إمونول. الممارسة. 5، 1572-1581e3 (2017).

    أندرسن ، سي إل وآخرون. فرط الحمضات في عينات الدم الروتينية كمؤشر حيوي لتطور الورم الصلب - دراسة تستند إلى قاعدة بيانات كوبنهاغن للرعاية الأولية التفاضلية (CopDiff). اكتا اونكول. 53, 1245–1250 (2014).

    Popov ، H. ، Donev ، I. S. & amp Ghenev ، P. التحليل الكمي لفرط الحمضات في الأنسجة المرتبطة بالورم في سرطان المثانة المتكرر. علاج لنا 10، e3279 (2018).

    Lowe، D.، Fletcher، C.D & amp Gower، R.L. فرط الحمضات المصاحب للورم في المثانة. J. كلين. باتول. 37, 500–502 (1984).

    أونستي ، سي إي وآخرون. الدور التنبئي والإنذاري لعدد الحمضات في الدم المحيطي في مرضى سرطان الثدي السلبي الثلاثي والمستقبلات الهرمونية / إيجابية HER2 الذين يخضعون للعلاج المساعد الجديد. Oncotarget 9, 33719–33733 (2018).

    Ownby، H. E.، Roi، L.D، Isenberg، R.R & amp Brennan، M. J. تعد الخلايا الليمفاوية المحيطية والحمضيات كمؤشرات للتشخيص في سرطان الثدي الأولي. سرطان 52, 126–130 (1983).

    شبيجل ، جي دبليو ، أشرف ، إم آند بروكس ، جي جي الحمضات كعلامة لغزو آفات الأورام الحرشفية العنقية. كثافة العمليات J. جينيكول. باتول. 21, 117–124 (2002).

    فان دريل ، دبليو جيه وآخرون. التسلل اليوزيني المرتبط بالورم لسرطان عنق الرحم يدل على استجابة مناعية أقل فعالية. همم. باتول. 27, 904–911 (1996).

    بريزمنت ، إيه إي وآخرون. تسلل ورم الحمضات وتحسين بقاء مرضى سرطان القولون والمستقيم: دراسة صحة المرأة في ولاية آيوا. عصري. باتول. 29, 516–527 (2016).

    Fernandez-Acenero، M. J.، Galindo-Gallego، M.، Sanz، J. & amp Aljama، A. التأثير النذير للورم المرتبط بالورم الحمضي تسلل في سرطان القولون والمستقيم. سرطان 88, 1544–1548 (2000).

    بريتلو ، تي بي وآخرون. تسلل الحمضات من سرطان القولون البشري كمؤشر تنبؤي. الدقة السرطان. 43, 2997–3000 (1983).

    Ishibashi، S. et al. كثرة اليوزينيات في الأنسجة المرتبطة بالورم في سرطان الخلايا الحرشفية المريئي البشري. مضاد للسرطان. الدقة. 26, 1419–1424 (2006).

    تشانغ ، واي وآخرون. التأثير السريري للخلايا الالتهابية المتسللة إلى الورم في سرطان المريء ذو الخلايا الصغيرة الأولية. كثافة العمليات جيه مول. علوم. 15, 9718–9734 (2014).

    Songun، I. et al. يمكن استخدام التعبير عن البروتينات المسرطنة وكمية الارتشاح الحمضي والليمفاوي كعوامل تنبؤية في سرطان المعدة. المجموعة الهولندية لسرطان المعدة (DGCG). Br. J. السرطان 74, 1783–1788 (1996).

    إيواساكي ، K. ، Torisu ، M. & amp Fujimura ، T. الورم الخبيث والحمضات. أولا أهمية النذير في سرطان المعدة. سرطان 58, 1321–1327 (1986).

    von Wasielewski، R. et al. فرط الحمضات في الأنسجة يرتبط ارتباطًا وثيقًا بسوء التشخيص في مرض هودجكين المصلب العقدي ، مما يسمح بوجود عوامل تنبؤية معروفة. دم 95, 1207–1213 (2000).

    Enblad ، G. ، Sundstrom ، C. & amp Glimelius ، B. تسلل الحمضات في مرض هودجكين المتضمن العقد الليمفاوية يتنبأ بالتشخيص. الهيماتول. اونكول. 11, 187–193 (1993).

    سعيد ، م وآخرون. فرط الحمضات في الأنسجة: علامة مورفولوجية لتقييم الغزو اللحمي في الأورام الحرشفية الحنجرية. بي ام سي كلين. باتول. 5, 1 (2005).

    Thompson، A.C، Bradley، P. J. & amp Griffin، N.R. أكون. J. سورج. 168, 469–471 (1994).

    دورتا ، آر جي وآخرون. فرط الحمضات في الأنسجة المصاحب للورم كعامل تنبؤي في سرطان الخلايا الحرشفية الفموي. علم التشريح المرضي 41, 152–157 (2002).

    جاين ، م وآخرون. تقييم فرط الحمضات في الأنسجة كمنبئ في خلل التنسج الظهاري الفموي وسرطان الخلايا الحرشفية الفموي - دراسة لتحليل الصور. باتول. الدقة. كثافة العمليات 2014, 507512 (2014).

    Rakesh، N.، Devi، Y.، Majumdar، K.، Reddy، S. S. & amp Agarwal، K. J. كلين. إكسب. صدمه خفيفه. 7، e1 – e6 (2015).

    Bishara، S. et al. أنواع خلايا الدم البيضاء الفرعية المعالجة المسبقة كمؤشرات تنبؤية لسرطان المبيض. يورو. J. Obstet. جينيكول. ريبرود. بيول. 138, 71–75 (2008).

    ستيل ، جيه إل وآخرون. مجموعات الأعراض المرتبطة بالسرطان ، والحمضات ، والبقاء على قيد الحياة في سرطان الكبد: دراسة استكشافية. J. إدارة أعراض الألم. 39, 859–871 (2010).

    شينكي ، جي وآخرون. يعد العدد الأقصى للكريات البيض بعد الجراحة بعد استئصال الكبد عاملاً تنبؤيًا مهمًا لسرطان القنوات الصفراوية. مول. كلين. اونكول. 10, 531–540 (2019).

    Meyerholz، D.K، Griffin، M.A، Castilow، E.M & amp Varga، S.M. توكسيكول. باتول. 37, 249–255 (2009).

    ياماغوتشي ، واي وآخرون. نماذج تبديل النسب في تطور المكونة للدم: يوضح خط خلية الحمضات الجديد الملتزم بالنخاع العظمي (YJ) إمكانات ثلاثية السلالات. سرطان الدم 12, 1430–1439 (1998).

    ماسياس ، م ب وآخرون. تحديد جين البروتين الأساسي الجديد للفئران (mMBP): استنساخ وتوصيف mMBP-2. J. ليوكوك. بيول. 67, 567–576 (2000).

    ويليتس ، ل. وآخرون. قد يساعد الكشف المناعي للحمضات الخفية في خزعات أنسجة الرئة في التنبؤ بالبقاء على قيد الحياة في إصابة الرئة الحادة. تنفس. الدقة. 12, 116 (2011).

    Erjefalt ، J. S. et al. أنماط التحلل للخلايا الحبيبية الحمضية كمحددات للمرض الناتج عن الحمضات. الصدر 56, 341–344 (2001).

    دويل ، إيه دي وآخرون. ينتج عن إعادة التركيب المتماثل في موضع بيروكسيداز الحمضات سلالة من الفئران التي تعبر عن إعادة التركيب المترابط لـ Cre بشكل حصري في الحمضات. J. ليوكوك. بيول. 94, 17–24 (2013).

    جريس ، ج.أو وآخرون. إعادة استخدام بيانات التعبير عن الحمضات في الفئران العامة ، على مستوى الجينوم ، لتطوير الفرضيات. J. ليوكوك. بيول. 104, 185–193 (2018).

    Zhu، F.، Liu، P.، Li، J. & amp Zhang، Y. Eotaxin-1 يعزز غزو خلايا سرطان البروستاتا عن طريق تنشيط مسار CCR3-ERK وتنظيم تعبير MMP-3. اونكول. اعادة عد. 31, 2049–2054 (2014).

    ليفينا ، في وآخرون. دور إشارات eotaxin-1 في سرطان المبيض. كلين. الدقة السرطان. 15, 2647–2656 (2009).

    هيتوشي ، واي وآخرون. توزيع الخلايا البائية الإيجابية لمستقبلات IL-5. التعبير عن مستقبلات IL-5 على خلايا Ly-1 (CD5) + B. J. إمونول. 144, 4218–4225 (1990).

    Varricchi، G. et al. الحمضات: الأبطال المجهولون في مرض السرطان؟ علم الأورام 7، e1393134 (2018).

    Chen، B.، Khodadoust، M. S.، Liu، C.L، Newman، A. M. & amp Alizadeh، A. A. التنميط الورم المتسلل إلى الخلايا المناعية باستخدام CIBERSORT. طرق مول. بيول. 1711, 243–259 (2018).


    نقاش

    أحدث العلاج المناعي للسرطان نقلة نوعية في علاج السرطان في السنوات الأخيرة. تم إنشاء العديد من مجموعات بيانات scRNA-seq لفك تشفير التراكيب المعقدة من نوع الخلية وعدم تجانس التعبير في TME. ومع ذلك ، لا تزال بوابة البيانات جيدة التنظيم والمعالجة بشكل موحد والمشروحة لإعادة استخدام بيانات TME scRNA-seq غير متوفرة. في هذا السياق ، نقدم TISCH كبوابة ويب شاملة أحادية الخلية لعلماء بيولوجيا السرطان للتحقيق في التعبير الجيني للخلية المفردة وتصوره في TME. تُظهر TISCH العديد من المزايا مقارنة بالموارد الموجودة في الورم أحادي الخلية. أولاً ، TISCH هي بوابة بيانات TME أحادية الخلية الأكثر شمولاً على حد علمنا ، بما في ذلك أطلس النسخ أحادية الخلية لحوالي 2 مليون خلية من 27 نوعًا من السرطان. تمكّن أنواع الخلايا المتنوعة وأنواع السرطان الموجودة في TISCH المستخدمين من التحقيق بشكل منهجي وشامل في عدم تجانس TME. ثانيًا ، تمت معالجة جميع مجموعات بيانات TISCH بشكل موحد ، والتعليق عليها ، وتنظيمها يدويًا ، مما يزيل الحواجز أمام مقارنات الدراسات الشاملة ويفيد إعادة استخدام البيانات. أخيرًا ، مع المعلومات الوصفية المقدمة ، تسمح TISCH بإجراء مقارنات بين مختلف المرضى ومجموعات العلاج المناعي ومجموعات الاستجابة ، مما يُظهر المؤشرات السريرية المحتملة لعلاج السرطان.

    باختصار ، TISCH هو مستودع مفيد لبيانات النسخ أحادية الخلية TME. يوفر مورد ويب سهل الاستخدام لتصور التعبير الجيني التفاعلي للاختلافات الخلوية عبر مجموعات بيانات متعددة بدقة خلية واحدة. سيكون TISCH مورداً قيماً لعلماء بيولوجيا السرطان وعلماء الأورام المناعية لدراسة تنظيم الجينات والإشارات المناعية في TME ، وتحديد أهداف الأدوية الجديدة وتقديم رؤى حول استجابة العلاج. في المستقبل ، سوف نستمر في بذل الجهود لتحسين TISCH. سنحافظ على موارد الويب بانتظام لدمج مجموعات البيانات الجديدة. سنقدم أيضًا وظائف جديدة في TISCH ، مثل استنتاج التعبير المشترك بين الجين والتفاعلات بين الخلية والخلية بناءً على ارتباطات التعبير على مستوى الخلية المفردة. نظرًا لتوفر أعداد متزايدة من بيانات TME scRNA-seq العامة ، فإننا نتوقع استمرار تطوير وصيانة مورد الويب TISCH لصالح مجتمع أبحاث السرطان الأوسع.


    مراجع

    Siegel RL، Miller KD، Jemal A. Cancer Statistics، 2019 (US Statistics). CA السرطان J كلين. 201969 (1): 7–34. https://doi.org/10.3322/caac.21551.

    Howlader N ، Noone AM ، Krapcho M ، Miller D ، Brest A ، Yu M ، وآخرون ، المحررين. مراجعة إحصائيات السرطان SEER ، 1975-2017 ، المعهد الوطني للسرطان. Bethesda 2020. https://seer.cancer.gov/csr/1975_2017/ ، بناءً على إرسال بيانات SEER في نوفمبر 2019.

    ياشيدا إس ، لاكوبوزيو-دوناهو كاليفورنيا. علم الأمراض وعلم الوراثة لسرطان البنكرياس النقيلي. قوس باثول لاب ميد. 2009: 133 (3): 413-22.

    Kruger S ، و Haas M ، و Burger PJ ، و Ormanns S ، و Modest DP ، و Westphalen CB ، وآخرون. تحدد النقائل الرئوية المعزولة مجموعة فرعية مواتية في سرطان البنكرياس النقيلي. أمراض البنكرياس. 201616: 593-8 إلسفير بي في

    Deeb A، Haque SU، Olowokure O. النقائل الرئوية في سرطان البنكرياس ، هل هناك تأثير للبقاء؟ J Gastrointest Oncol. 20156: E48–51 بايونير بايوسينس للنشر.

    Yamashita K و Miyamoto A و Hama N و Asaoka T و Maeda S و Omiya H وآخرون. تأثير البقاء على قيد الحياة من النقائل الرئوية كتكرار لسرطان الغدة البنكرياس القنوي. حفر سورج. 201532 (6): 464–71. https://doi.org/10.1159/000439545.

    Tumeh PC ، Hellmann MD ، Hamid O ، Tsai KK ، Loo KL ، Gubens MA ، وآخرون. النقائل الكبدية ونتائج العلاج بالأجسام المضادة أحادية النسيلة المضادة لـ PD-1 في مرضى سرطان الجلد و NSCLC. السرطان المناعي الدقة. 20175: 417-24 الرابطة الأمريكية لأبحاث السرطان.

    Tazdait M ، Mezquita L ، Lahmar J ، Ferrara R ، Bidault F ، Ammari S ، et al. أنماط الاستجابات في NSCLC النقيلي أثناء العلاج بمثبط PD-1 أو PDL-1: مقارنة بين معايير RECIST 1.1 و irRECIST و iRECIST. Eur J السرطان.201888: 38-47 Elsevier Ltd.

    Oliver AJ و Lau PKH و Unsworth AS و Loi S و Darcy PK و Kershaw MH وآخرون. البيئات الدقيقة للورم المعتمد على الأنسجة وتأثيرها على استجابات العلاج المناعي. الجبهة المناعية. 20189: 70 فرونتيرز ميديا ​​ش.م.

    Sharma G و Colantuoni C و Goff LA و Fertig EJ و Stein-O’Brien G. projectR: حزمة R / Bioconductor لنقل التعلم عبر PCA و NMF والارتباط والتجميع. فالنسيا أ ، محرر. المعلوماتية الحيوية. 202036: 3592-3 مطبعة جامعة أكسفورد.

    Jin X و Demere Z و Nair K و Ali A و Ferraro GB و Natoli T et al. خريطة ورم خبيث لخطوط الخلايا السرطانية البشرية. طبيعة سجية. 2020588 (7837): 331-6. https://doi.org/10.1038/s41586-020-2969-2 Nature Research.

    Foley K و Rucki AA و Xiao Q و Zhou D و Leubner A و Mo G وآخرون. تتوسط إشارات السيمافورين ثلاثية الأبعاد للأوتوكرين الدور المنتشر للملحق A2 في سرطان البنكرياس. إشارة العلوم. Am Assoc Adv Sci. 20158 (388): ra77.

    Hingorani SR و Wang L و Multani AS و Combs C و Deramaudt TB و Hruban RH وآخرون. يتعاون Trp53R172H و KrasG12D لتعزيز عدم استقرار الكروموسومات وسرطان الغدة البنكرياس القنوي النقيلي على نطاق واسع في الفئران. الخلايا السرطانية. 20057 (5): 469–83. https://doi.org/10.1016/j.ccr.2005.04.023.

    Li B و Li T و Pignon JC و Wang B و Wang J و Shukla SA وآخرون. منظر طبيعي لمخزون الخلايا التائية المتسلل إلى الورم من السرطانات البشرية. نات جينيه. 201648 (7): 725–32. https://doi.org/10.1038/ng.3581 مجموعة نيتشر للنشر.

    Kinkead HL و Hopkins A و Lutz E و Wu AA و Yarchoan M و Cruz K et al. إن الجمع بين اللقاح الذي يستهدف المستضدات الجديدة المعتمد على اللدغة ومعدلات نقاط التفتيش يعزز المناعة المضادة للورم في سرطان البنكرياس في الفئران. JCI Insight NLM (ميدلاين). 20183 (20): e122857.

    يوشيمورا K ، Soares KC ، Jaffee E ، Schulick RD ، Olino K ، Jain A ، وآخرون. نموذج الفئران قبل السريرية من النقائل الكبدية. J فيس إكسب. 2014 (91): e51677. شركة MyJoVE.

    Warde-Farley D و Donaldson SL و Comes O و Zuberi K و Badrawi R و Chao P وآخرون. خادم التنبؤ GeneMANIA: تكامل الشبكة البيولوجية لتحديد أولويات الجينات والتنبؤ بوظيفة الجينات. الدقة الأحماض النووية. 201038 (ملحق_2): W214–20. https://doi.org/10.1093/nar/gkq537.

    Wang J و Sanmamed MF و Datar I و Su TT و Ji L و Sun J وآخرون. البروتين الشبيه بالفبرينوجين 1 هو مركب رئيسي مثبط للمناعة من LAG-3. زنزانة. 2019176: 334–347.e12 الصحافة الخلوية.

    Nagarsheth N ، Wicha MS ، Zou W. Chemokines في البيئة المكروية للسرطان وأهميتها في العلاج المناعي للسرطان. نات ريف إمونول. 2017: 17 (9): 559-72 مجموعة نيتشر للنشر.

    O’Donnell JS، Long GV، Scolyer RA، Teng MWL، Smyth MJ. مقاومة تثبيط نقطة التفتيش PD1 / PDL1. علاج السرطان القس 2017: 9: 71-81 دبليو. سوندرز المحدودة.

    Simonetti O و Goteri G و Lucarini G و Filosa A و Pieramici T و Rubini C وآخرون. الدور المحتمل لتعبير CCL27 و CCR10 في تطور الورم الميلانيني والهروب المناعي. Eur J السرطان. 200642 (8): 1181–7. https://doi.org/10.1016/j.ejca.2006.01.043.

    Tselepis A و Grant AJ و Walker LSK و Bertus Eksteen DH و Miles A و Curbishley SM. ترتبط الخلايا التائية التنظيمية التي تعبر عن إنتاج CCR10 CCL28 وتوظيف الالتهاب الظهاري بعام 2021.

    Obermajer N ، Muthuswamy R ، Odunsi K ، Edwards RP ، Kalinski P. PGE 2-induced CXCL 12 ، يتحكم التعبير CXCR4 في تراكم MDSCs البشرية في بيئة سرطان المبيض. الدقة السرطان. 201171 (24): 7463–70. https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-11-2449 NIH Public Access.

    Chen Y و Ramjiawan RR و Reiberger T و Ng MR و Hato T و Huang Y et al. إن تثبيط CXCR4 في البيئة المكروية للورم يسهل العلاج المناعي لمستقبلات الموت -1 المضاد للمبرمجة في سرطان الخلايا الكبدية المعالج من سورافينيب في الفئران. أمراض الكبد. 201561: 1591–602 شركة John Wiley and Sons Inc.

    Li J ، Byrne KT ، Yan F ، Yamazoe T ، Chen Z ، Baslan T ، et al. تكمن العوامل الجوهرية لخلايا الورم وراء عدم تجانس تسلل الخلايا المناعية والاستجابة للعلاج المناعي. حصانة. 201849: 178–193.e7.

    Stein-O’Brien GL، Clark BS، Sherman T، Zibetti C، Hu Q، Sealfon R، et al. تحليل هوية الخلية لنقل التعلم عبر القياسات والأنظمة الأساسية والأنسجة والأنواع الخلوية. نظام الخلية. 20198: 395-411.e8 مطبعة خلوية.

    فرنانديز إي ، محمود واي دي ، فيجاس إف ، روشا دي ، بالزاريني إم ، لوجان إتش دي ، وآخرون. MIXTURE: خوارزمية محسّنة لتقدير البيئة المكروية للورم المناعي بناءً على بيانات التعبير الجيني. bioRxiv. 2019: 726562. https://doi.org/10.1101/726562. مختبر كولد سبرينج هاربور.

    Thorsson V و Gibbs DL و Brown SD و Wolf D و Bortone DS و Ou Yang TH وآخرون. المشهد المناعي للسرطان. حصانة. 201848: 812-830.e14 مطبعة خلوية.

    Feig C و Jones JO و Kraman M و Wells RJB و Deonarine A و Chan DS وآخرون. يتآزر استهداف CXCL12 من الخلايا الليفية المرتبطة بالسرطان المصاحب للـ FAP مع العلاج المناعي المضاد لـ PD-L1 في سرطان البنكرياس. Proc Natl Acad Sci U S A. 2013110 (50): 20212–7. https://doi.org/10.1073/pnas.1320318110.

    Greene GF ، Kitadai Y ، Pettaway CA ، Von Eschenbach AC ، Bucana CD ، Fidler IJ. ارتباط التعبير الجيني المرتبط بالورم الخبيث مع إمكانات النقائل في خلايا سرطان البروستاتا البشرية المزروعة في الفئران العارية باستخدام تقنية تهجين RNA الرسول في الموقع. أنا J باتول. 1997150 (5): 1571–82.

    سينغ آر كيه ، بوكانا سي دي ، جوتمان إم ، فان دي ، ويلسون إم آر ، فيدلر آي جي. التعبير المعتمد على موقع العضو لعامل نمو الخلايا الليفية الأساسي في خلايا سرطان الخلايا الكلوية البشرية. أنا J باتول. 1994145 (2): 365–74.

    هوفر إم ، آدميان واي ، براون إم ، معاوي إيه ، تشانغ إيه ، لي جي ، وآخرون. تكشف طريقة جديدة لاستخراج الحمض النووي الريبي من عينات FFPE عن فروق ذات دلالة إحصائية في تعبير العلامات الحيوية بين طعوم أصلية مشتقة من المريض لسرطان البنكرياس مثلي وتحت الجلد. Oncotarget. 20178: 5885-94 Impact Journal LLC.

    ناكامورا تي ، فيدلر آي جيه ، كومبس كر. يعتمد ملف التعبير الجيني لخلايا سرطان البنكرياس البشرية المنتشرة على البيئة المكروية للأعضاء. الدقة السرطان. 200767 (1): 139-48. https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-06-2563.

    Choudhury A و Moniaux N و Ulrich AB و Schmied BM و Standop J و Pour PM وآخرون. يتأثر تعبير MUC4 mucin في أورام البنكرياس البشرية ببيئة الأعضاء: الدور المحتمل لـ TGFβ2. Br J السرطان. 200490 (3): 657-64. https://doi.org/10.1038/sj.bjc.6601604.

    Zhan B و Wen S و Lu J و Shen G و Lin X و Feng J وآخرون. تحديد وأسباب الاختلاف الأيضي بين طعم أجنبي خارج الجلد مثلي وتحت الجلد لسرطان البنكرياس. Oncotarget. 20178: 61264–81 Impact Journals LLC.

    Gutman M ، Singh RK ، Xie K ، Bucana CD ، Fidler IJ. تنظيم التعبير عن الإنترلوكين -8 في خلايا الورم الميلانيني البشري بواسطة بيئة العضو. الدقة السرطان. 199555 (11): 2470-5.

    Hensel JA و Khattar V و Ashton R و Lee C و Siegal GP و Ponnazhagan S. يؤثر موقع الورم على نوع الخلايا المناعية المحلية والبعيدة وعددها. ديس التهاب المناعة. 20175 (1): 85-94. https://doi.org/10.1002/iid3.144.

    Zhao X ، Li L ، Starr TK ، Subramanian S. موقع الورم يؤثر على الاستجابة المناعية في نماذج الفئران لسرطان القولون. Oncotarget Impact J LLC. 20178: 54775–87.

    Devaud C و Westwood JA و John LB و Flynn JK و Paquet-Fifield S و Duong CPM وآخرون. يمكن للأنسجة الموجودة في المواقع التشريحية المختلفة نحت وتنويع البيئة المكروية للورم للتأثير على الاستجابات للعلاج. مول هناك. 201422: 18–27 مجموعة نيتشر للنشر.

    Lu Y و Shiau F و Yi W و Lu S و Wu Q و Pearson JD وآخرون. يحدد تحليل الخلية الواحدة لشبكية العين البشرية الآليات المحفوظة تطوريًا والآليات الخاصة بالأنواع التي تتحكم في التطور. خلية التطوير. 202053: 473-491.e9 الصحافة الخلوية.

    Stein-O’Brien GL، Clark BS، Sherman T، Zibetti C، Hu Q، Sealfon R، et al. تحليل هوية الخلية لنقل التعلم عبر القياسات والأنظمة الأساسية والأنسجة والأنواع الخلوية. نظام الخلية. 20198: 395-411.e8 الصحافة الخلوية.

    Efremova M، Vento-Tormo M، Teichmann SA، Vento-Tormo R. CellPhoneDB: استنتاج الاتصال الخلوي الخلوي من التعبير المشترك لمجمعات مستقبلات الترابطات متعددة الوحدات الفرعية. نات بروتوك. 202015 (4): 1484-506. https://doi.org/10.1038/s41596-020-0292-x Nature Research.

    Cherry C و Maestas DR و Han J و Andorko JI و Cahan P و Fertig EJ et al. ديناميات الإشارات بين الخلايا من أطلس خلية واحدة لاستجابة المواد الحيوية. bioRxiv. 2020: 2020.07.24.218537. https://doi.org/10.1101/2020.07.24.218537. مختبر كولد سبرينج هاربور.

    Browaeys R و Saelens W و Saeys Y. NicheNet: نمذجة الاتصال بين الخلايا عن طريق ربط الروابط بالجينات المستهدفة. طرق نات. 202017 (2): 159-62. https://doi.org/10.1038/s41592-019-0667-5 Nature Research.

    جيسن سي ، وانج هاو ، شابيرو د ، زيفانوفيتش إن ، جاكوبس أ ، هاتندورف ب ، وآخرون. تصوير متعدد الإرسال لأنسجة الورم بدقة تحت خلوية عن طريق قياس الكتلة الخلوية. طرق نات. 201411 (4): 417–22. https://doi.org/10.1038/nmeth.2869 مجموعة نيتشر للنشر.

    Goltsev Y ، Samusik N ، Kennedy-Darling J ، Bhate S ، Hale M ، Vazquez G ، et al. التنميط العميق لهندسة الطحال الماوس مع التصوير المتعدد CODEX. زنزانة. 2018174: 968-981.e15 الصحافة الخلوية.

    ماركس الخامس. طريقة العام: نسخ النصوص التي تم حلها مكانيًا. طرق نات. 202118 (1): 9-14. https://doi.org/10.1038/s41592-020-01033-y Nature Research.

    Lipson EJ و Lilo MT و Ogurtsova A و Esandrio J و Xu H و Brothers P وآخرون. سرطان الخلايا القاعدية: تعبير نقطة تفتيش PD-L1 / PD-1 وانحدار الورم بعد حصار PD-1. ياء إمونوثر السرطان. 20175: 23 شركة BioMed Central Ltd.

    Yanik EL و Kaunitz GJ و Cottrell TR و Succaria F و McMiller TL و Ascierto ML et al. رابطة حالة فيروس نقص المناعة البشرية مع الاستجابة المناعية المحلية لسرطان الخلايا الحرشفية الشرجية: الآثار المترتبة على العلاج المناعي. جاما أونكول. 20173 (7): 974–8. https://doi.org/10.1001/jamaoncol.2017.0115 الجمعية الطبية الأمريكية.

    Ho WJ و Yarchoan M و Charmsaz S و Munday RM و Danilova L و Sztein MB et al. يكشف قياس الكتلة الخلوي متعدد الألواح عن إعادة تشكيل حجرة الخلايا B و T بوساطة العلاج المضاد لـ PD-1 في الغدد الليمفاوية التي تستنزف الورم. انسايت JCI. 20205 (2): e132286 الجمعية الأمريكية للتحقيقات السريرية.

    هارتمان إف جي ، سيموندس إي أف ، بندال إس سي. منصة تشفير خلية حية عالمية لتحليل خلية مفردة بشرية متعددة الإرسال. ممثل العلوم .2018: 10770 مجموعة نيتشر للنشر.

    Chevrier S، Crowell HL، Zanotelli VRT، Engler S، Robinson MD، Bodenmiller B. تعويض تسرب الإشارة في التعليق والتصوير لقياس الكتلة الخلوية. نظام الخلية. 20186: 612-620.e5 الصحافة الخلوية.

    يوفر Patro R و Duggal G و Love MI و Irizarry RA و Kingsford C. Salmon تقديرًا كميًا سريعًا ومدركًا للتحيز لتعبير النص. طرق نات. 201714 (4): 417-9. https://doi.org/10.1038/nmeth.4197 مجموعة نيتشر للنشر.

    Colaprico A و Silva TC و Olsen C و Garofano L و Cava C و Garolini D وآخرون. TCGAbiolinks: حزمة R / Bioconductor للتحليل التكاملي لبيانات TCGA. الدقة الأحماض النووية. 201644 (8): e71. https://doi.org/10.1093/nar/gkv1507.

    Robins HS ، Campregher PV ، Srivastava SK ، Wacher A ، Turtle CJ ، Kahsai O ، et al. تقييم شامل لتنوع مستقبلات الخلايا التائية β في خلايا αβ T. دم. 2009114: 4099-107.

    هوبكنز إيه سي ، يارشوان إم ، دورهام جي إن ، يوسكو إي سي ، ريتلفسكي جا ، روبينز إتش إس ، وآخرون. سمات ذخيرة مستقبلات الخلايا التائية المرتبطة بالبقاء على قيد الحياة في سرطان القناة البنكرياسية المعالَج بالعلاج المناعي. JCI Insight NLM (ميدلاين). 20183 (13): e122092

    ويبر إل إم ، نوفيكا إم ، سونسون سي ، روبنسون إم دي. صعب: اكتشاف تفاضلي في القياس الخلوي عالي الأبعاد عبر التجميع عالي الدقة. كومون بيول. 2019: 2:183 Springer Science and Business Media LLC.

    Van Gassen S و Callebaut B و Van Helden MJ و Lambrecht BN و Demeester P و Dhaene T et al. FlowSOM: استخدام الخرائط ذاتية التنظيم لتصور وتفسير بيانات القياس الخلوي. القياس الخلوي أ. 201587 (7): 636-45. https://doi.org/10.1002/cyto.a.22625.

    Becht E و McInnes L و Healy J و Dutertre CA و Kwok IWH و Ng LG et al. تقليل الأبعاد لتصور بيانات الخلية المفردة باستخدام UMAP. Nat Biotechnol. 201937 (1): 38-47. https://doi.org/10.1038/nbt.4314 مجموعة نيتشر للنشر.

    روبنسون MD ، مكارثي دي جي ، سميث جي كي. edgeR: حزمة موصل حيوي لتحليل التعبير التفاضلي لبيانات التعبير الجيني الرقمي. ملاحظة تطبيق Bioinforma. 201026 (1): 139-40. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp616.

    سميث جي كيه ، سميث جي كي. Limma: نماذج خطية لبيانات المصفوفات الدقيقة. في: Gentlem R ، Carey V ، Dudoit S ، Irizarry R ، Huber W ، محررون. المعلوماتية الحيوية وحلول البيولوجيا الحسابية باستخدام R و Bioconductor ، المجلد. 420.

    Love MI ، Huber W ، Anders S. تقدير معتدل لتغيير الطية والتشتت لبيانات RNA-seq باستخدام DESeq2. جينوم بيول. 201415: 550 مركز بيوميد.

    يكشف التنميط متعدد أوميك للبيئات الدقيقة لأورام الرئة والكبد لسرطان البنكرياس النقيلي عن مسارات تنظيمية مناعية خاصة بالموقع [الإنترنت]. جيثب. 2021 متاح من: https://github.com/wonjho/KPC_Mets.

    Ho W. KPCMets_Immune [الإنترنت]. مستودع التدفق. 2021 متاح من: http://flowrepository.org/id/FR-FCM-Z3MW.

    يكشف التنميط متعدد أوميك للبيئات الدقيقة لأورام الرئة والكبد لسرطان البنكرياس النقيلي عن ميزات تنظيمية مناعية خاصة بالموقع [الإنترنت]. الجينات Expr. الجامع. 2021. متاح من: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi؟acc=GSE172106.


    فهم البيانات

    توفر تقنيات التعلم الآلي الحديثة الأساس لحل هذه المشكلات ، مما يسمح لنا بتبسيط مجموعات البيانات المعقدة وتحديد الفرضيات ذات المغزى من الناحية البيولوجية حول حركية استجابة TME وعلاقتها بتطور المرض (الشكل 1). يعد التعلم الآلي غير الخاضع للإشراف وتحليل الشبكة أدوات قوية لتقليل أبعاد مجموعات البيانات هذه وتعقيدها حتى يتمكن الباحثون من استكشافها لتكوين فرضيات جديدة. يمكن بعد ذلك استخدام التقنيات الخاضعة للإشراف لتحويل القياسات عالية الأبعاد إلى تنبؤات دقيقة للنتائج أو اختبارات دقيقة لفرضيات ميكانيكية معينة. ومع ذلك ، فإن الفائدة النهائية لهذه التقنيات تعتمد بشكل حاسم على جودة وسلامة بياناتها وعلى التحقق السريري من صحة الأنماط والتنبؤات التي تنتجها.

    تم الإعلان مؤخرًا عن دراسة ملف تعريف الورم (1) هو جهد جديد مثير في هذا الاتجاه ، مع إمكانات كبيرة لتعزيز فهمنا لدور TME في المرض. هناك ثلاثة جوانب لتصميمها تجعلها دراسة نموذجية لـ TME: (1) دمج أساليب التعلم الآلي مع بيانات TME متعددة الذرات التفصيلية والبيانات الحركية لمجموعة كبيرة ومتنوعة من السكان (2) تطوير نموذج مستدام لترجمة التكاليف ، والخبرة التقنية ، قيود الفحص ، تكامل منصة البيانات ، والبنية التحتية المطلوبة و (3) استخدام نتائج التوصيف والتعلم الآلي لتغيير الممارسة السريرية من خلال تحديد نقاط الضعف الخاصة بالمريض والورم ، مثل الطب الدقيق ، من خلال مجموعات البيانات المعقدة.


    عنوان

    مؤلف

    سنة التخرج

    نوع الوثيقة

    الدرجة العلمية

    الدرجه العلميه

    قسم منح الدرجات العلمية

    علم الأحياء (بيولوجيا الخلية ، علم الأحياء الدقيقة ، البيولوجيا الجزيئية)

    أستاذ رئيسي

    عضو لجنة

    عضو لجنة

    عضو لجنة

    الكلمات الدالة

    ثلاثي الأبعاد ، حمض ، كربونيك أنهيدراز التاسع ، تحلل السكر ، درجة الحموضة ، البروتونات

    الملخص

    السرطان مرض معقد وغير متجانس. لا يوجد فقط تباين كبير بين أنواع السرطان المختلفة ، ولكن هناك تباين هائل بين وداخل المرضى الذين يعانون من نفس النوع من السرطان. داخل الأورام ، هناك أنواع متعددة من الخلايا ، بما في ذلك الخلايا السرطانية والخلايا اللحمية والخلايا المناعية. غالبًا ما تحفز البيئة المكروية للورم الخلايا السليمة على أن تصبح مؤيدة للأورام. يعتبر التمثيل الغذائي للخلايا حساسًا للغاية للتغيرات في البيئة الدقيقة للورم ويمكن قياسه لاستنتاج عدوانية السرطان والتنبؤ بالاستجابة للعلاج. في هذه الرسالة ، نهدف إلى فهم كيفية تأثير البيئة المكروية ، وتحديداً درجة الحموضة المنخفضة ، على النمط الظاهري ، والتمثيل الغذائي ، ووظيفة أنواع الخلايا داخل الأورام ، وفي النهاية ، كيف يرتبط ذلك بالورم الخبيث والنتائج العلاجية.

    الفصل 2: ​​لسوء الحظ ، فإن قياس التمثيل الغذائي يمثل تحديًا لأن التمثيل الغذائي ديناميكي ويمكن أن يتغير اعتمادًا على أنواع النماذج التي نستخدمها. تستخدم الدراسات الحالية نماذج ثنائية الأبعاد للسرطان ، أي خطوط الخلايا السرطانية التي تنمو في قوارير أو أطباق بلاستيكية مسطحة. تتعرض الثقافات ثنائية الأبعاد لتركيزات أعلى من العناصر الغذائية والأدوية ، ولها مساحة سطح خلوية منخفضة إلى الحجم بسبب الالتصاق بالبلاستيك ، مما يؤدي أيضًا إلى تغيير التعبير عن بروتينات الالتصاق. النماذج ثنائية الأبعاد لا تعكس بدقة الورم في الجسم الحي ، وهذا يمكن أن يؤدي إلى تناقضات بين النتائج المختبرية والحيوية. إن زراعة خطوط الخلايا السرطانية ثلاثية الأبعاد تلخص بشكل أفضل ما يحدث في الجسم الحي. لقد طورنا أدوات ومنهجية للخلايا الحية في المختبر لتكوين صورة استقلابية لمزارع الخلايا ثلاثية الأبعاد ومقارنتها مباشرة بمزارع الخلايا ثنائية الأبعاد. باستخدام هذا ، لاحظنا الاختلافات في التمثيل الغذائي الأساسي لمزارع الخلايا ثنائية وثلاثية الأبعاد استجابة لمثبطات التمثيل الغذائي والعلاج الكيميائي. لقد قمنا بتوسيع هذه المنهجية أيضًا لتشكيل ملف تعريف الأنسجة الدقيقة ثلاثية الأبعاد التي تم إنشاؤها من أعضاء وأورام الماوس. كانت الملامح الأيضية للأنسجة الدقيقة المشتقة من الأعضاء الطبيعية (القلب والكلى) متسقة عند مقارنة الأنسجة الدقيقة المشتقة من نفس العضو. كان لمعالجة الأنسجة الدقيقة للقلب والكلى بالسموم القلبية أو الكلوية تأثيرات مبكرة وملحوظة على استقلاب الأنسجة.

    في المقابل ، أظهرت الأنسجة الدقيقة المستمدة من مناطق مختلفة من نفس الأورام عدم تجانس أيضي كبير ، والذي يرتبط بعلم الأنسجة. ومن ثم ، فإن التنميط الأيضي للأنسجة الدقيقة المعقدة ضروري لفهم آثار التشكل والبنية على التمثيل الغذائي. يمكن استخدام هذه الطريقة كمقياس قابل للتكاثر ومبكر وحساس لسمية الأدوية ومنهجية محتملة لفحص الأدوية. علاوة على ذلك ، توفر هذه المنهجية نقطة انطلاق مهمة لتحسين التصميم التجريبي بين الدراسات ثنائية الأبعاد في المختبر ودراسات الحيوانات الحية.

    الفصل 3: تطوير منهجيات جديدة وتطوير الأدوات يمكن أن يدفع التقدم في البحث العلمي. تسلط طريقتنا الضوء على عدم التجانس الأيضي داخل الورم والذي غالبًا ما يتم إغفاله بوسائل أخرى. أحد مكونات عدم تجانس الورم التي لم يتم استكشافها جيدًا هو التمييز الجوهري بين الحافة واللب. التطور المستمر داخل الورم واضح في الاختلافات الجزيئية بين الخلايا السرطانية من مناطق مختلفة من نفس الورم. ومع ذلك ، فإن البيانات الجينية وحدها توفر القليل من التبصر في قوى الانتقاء البيئية والتكيفات المظهرية الخلوية التي تحكم الديناميكيات الداروينية الأساسية. لقد لاحظنا في ثلاثة أنواع من سرطانات الفئران العفوية (سرطانات البروستاتا في الفئران TRAMP و PTEN ، وسرطان البنكرياس في الفئران KPC) ، أن هناك مجموعتين فرعيتين لهما استراتيجيات تكيفية متميزة للبناء المتخصص ظلت مستقرة في الثقافة. أحد السكان هو ما نسميه النمط الظاهري "الرائد" ، والذي يوجد عند حافة الأورام الغازية. الرواد عبارة عن خلايا غازية تنتج بيئة حمضية من خلال تحلل السكر الهوائي المنتظم وتنظيم آلات تصدير البروتون ، مثل الأنهيدراز الكربوني -9 (CA-IX). السكان الأيضيون الآخرون المرصودون هو ما نسميه النمط الظاهري "المهندس".تم العثور على المهندسين في صميم الأورام وهم غير جراحيين ولديهم تكوين الأوعية الدموية المنتظم. هذه الخلايا المهندسة هي شبه طبيعية من الناحية الأيضية مع زيادة الاعتماد على التمثيل الغذائي التأكسدي. يحدث التطور داخل الورم لتوليد خلايا ذات مزايا لياقة مختلفة في مناطق مختلفة من الأورام. قد تهاجر هذه الخلايا عن قصد إلى منطقتها المفضلة ، أي الحافة مقابل النواة ، أو ينتهي بها الأمر هناك مصادفة ، وبمجرد الوصول إلى هناك ، قد يتغير نمطها الظاهري مع التعرض لظروف بيئية مكروية متغيرة أو قد يتم إصلاحها. في حالتنا ، تمت زراعة هذه الخلايا لعدة أجيال وكانت ملامحها الأيضية ثابتة ، مما يشير إلى أن الأنماط الظاهرية المختارة قد تم إصلاحها.

    تم التحقيق في التفاعلات الداروينية لهذه المجموعات السكانية الفرعية في سرطان البروستاتا TRAMP. تنبأت عمليات المحاكاة الحاسوبية وأكدت التجارب أن الخلايا "الرائدة" الغازية المنتجة للحمض والتكاثرية (C2) حافظت على ميزة اللياقة مقارنة بالخلايا "الهندسية" غير الغازية والمولدة للأوعية والهادئة (C3). يتم إدارة هذا على الأرجح عن طريق تعزيز الغزو وإعاقة الاستجابة المناعية. أكد التحليل الكيميائي الهيستوكيميائي المناعي للأورام غير المعالجة أن خلايا C2 تتفوق دائمًا على الخلايا وكانت أكثر وفرة من خلايا C3 في أورام البروستاتا TRAMP. ومع ذلك ، فإن النمط الظاهري لاستراتيجية C2 التكيفية يتحمل تكلفة عالية بسبب إنتاج الطاقة غير الفعال (أي التحلل الهوائي). توقعت محاكاة النماذج الرياضية أن الاضطرابات الصغيرة في درجة الحموضة خارج الخلية (pHe) يمكن أن تعكس نسبة التكلفة / الفائدة لاستراتيجية C2 وتختار خلايا C3. يؤدي تغيير الأس الهيدروجيني باستخدام العلاج الوقائي ، NaHCO3 ، إلى زيادة الرقم الهيدروجيني في نموذج الماوس TRAMP ، وتعزيز نمو خلايا مهندس C3 على C2 ، مما يتيح للورم أن يظل منخفضًا ويقلل من ورم خبيث عند علاج الأورام المستقرة. أشارت النماذج الرياضية للتفاعلات الداروينية داخل الورم لقوى الانتقاء البيئية واستراتيجيات التكيف مع الخلايا السرطانية إلى أن مسار الورم قد تم توجيهه إلى مسار أقل توغلًا من خلال تطبيق قوى بيولوجية صغيرة ولكنها انتقائية ، مثل تغيير درجة الحموضة.

    تميل الخلايا الرائدة الموجودة في الحواف الغازية للأورام إلى الحصول على معدل استقلاب مرتفع للجلوكوز وتوليد بيئة مكروية حمضية. هذه الخلايا ضرورية للغزو المحلي وتطور السرطان. لذلك ، كنا مهتمين برؤية تأثير هذه البيئة المكروية الحمضية على المكونات الأخرى للورم. لقد درسنا كيف يؤثر التمثيل الغذائي للجليكوليتيك وانخفاض درجة الحموضة في ثلاثة مكونات للورم: السدى ، والمقصورة المناعية ، والخلايا السرطانية نفسها.

    يعمل التمثيل الغذائي للجليكوليتيك للسرطان على اختيار العناصر الغذائية الحيوية اللازمة لنمو الخلايا الطبيعي ، وهذا يفرض على أنواع الخلايا المحيطة استخدام المستقلبات الأخرى للحصول على الطاقة. أحد المجالات التي يحدث فيها هذا هو النقائل العظمية. لقد حددنا أن التفاعل الأيضي بين سدى العظام والخلايا السرطانية يعزز الانبثاث. في دراستنا ، أظهرنا أن الخلايا السرطانية MDA-MB-231 ثلاثية السالب عالية السكر ، مقارنة بخلايا MCF7 غير النقيلية ، تطلق المزيد من اللاكتات وتشكل ورم خبيث عظمي في الجسم الحي. في المختبر ، تبين أن اللاكتات التي تولدها الخلايا السرطانية تستهلكها ناقضات العظم كوقود لعملية التمثيل الغذائي التأكسدي ، مما يعزز في النهاية ارتشاف الكولاجين من النوع الأول في العظام. تم التوسط في نقل اللاكتات إلى ناقضات العظم بواسطة MCT1 ، كما يتضح من التعبير المنظم بشكل كبير أثناء تمايز ناقضات العظم ، وباستخدام مثبط MCT-1 ، 7- (N-benzyl-N-methylamino) -2-oxo-2H-chromene- 3- حمض الكربوكسيل ، الذي يضعف امتصاص الكولاجين من النوع الأول في ناقضات العظم. تشير هذه البيانات مجتمعة إلى أن اللاكتات المنبعثة من خلايا سرطان الثدي الحالة للجلوكوز في البيئة المكروية للعظام تعزز تكوين آفات انحلال العظم وتوفر الأساس المنطقي لاستخدام مثبطات MCT1 كنهج علاجي جديد في المرضى الذين يعانون من نقائل العظام.

    بالإضافة إلى ذلك ، فإن أحد الأعراض الشائعة لورم خبيث العظام لدى المرضى هو الألم (ألم العظام الناجم عن السرطان - CIBP). لقد أظهرنا أن الخلايا السرطانية النقيلية في العظام شديدة التحلل ، مما يولد مستويات عالية من اللاكتات وبيئة مكروية حمضية. افترضنا أن الحمض الموجود في البيئة المكروية للورم قد يكون سببًا لـ CIBP مما يستدعي مزيدًا من التحقيق. وجدنا أن خلايا سرطان الثدي التي تفضل العظام كموقع نقيلي لها تدفق بروتون مرتفع للغاية خارج الخلية ومضخات صريحة / ناقلات أيونات مرتبطة بالتوازن الحمضي القاعدي (MCT4 و CA9 و V-ATPase). يمكن أن يؤدي الحماض إلى تحفيز وتوعية مستقبلات الألم في العظام ويؤدي إلى فرط التألم. عزز تعريض الخلايا الليفية المرتبطة بالسرطان والخلايا الجذعية الوسيطة وبانيات العظم إلى الرقم الهيدروجيني الحمضي للتعبير عن الوسطاء الالتهابيين والمستقبلين للألم (NGF و BDNF و IL6 و IL8 و IL1b و CCL5). علاوة على ذلك ، فإن ضعف التحمض داخل الرحم عبر استهداف V-ATPase في نماذج النقائل العظمية قلل بشكل كبير من CIBP. غالبًا ما تكون العلاجات الحالية للمرضى الذين يعانون من CIBP غير فعالة ، ولكن نتائجنا في الجسم الحي ترتبط بالمرضى الذين يوفرون طريقة علاجية جديدة محتملة. يرتبط الألم في المرضى ، كما تم قياسه من خلال الاستبيان ، بمستويات أعلى من إنتاج وسطاء التهابات ومسببات للألم ، على سبيل المثال IL6 و IL8 بواسطة الخلايا اللحمية ، مما يشير إلى أن البيئات الدقيقة للورم تولد سدى مؤيد للورم. والجدير بالذكر أن تجربة سريرية (NCT01350583) عالجت 9 مرضى في المرحلة الأولى من تجربة Na-bicarbonate (لرفع درجة الحموضة) كمساعد لتقليل آلام العظام. بينما فشلت الدراسة في التصعيد ، كان هناك انخفاض كبير في عدد المرضى المبلغ عنه من CIBP. باختصار ، قد يؤدي التحمض داخل الورم في نخاع العظام إلى تنشيط السدى المرتبط بالورم لتعزيز CIBP وهذا الاكتشاف يقدم هدفًا جديدًا للعلاجات الملطفة في السرطان المتقدم.

    الفصل 4: الخلايا المناعية هي مكون آخر من مكونات الورم التي تتعرض لظروف البيئة المكروية المجهدة التي تولدها الخلايا السرطانية. في دراساتنا ، ركزنا على الخلايا التائية المستجيبة للجهاز المناعي ، أي الخلايا الليمفاوية CD8 + التي لديها القدرة على قتل الخلايا السرطانية من خلال إطلاق جرانزيم B. يتم تنظيم خلايا CD8 + T في ظل الظروف العادية من خلال التعبير عن بروتينات مثبطات نقاط التفتيش التي تقلل من العمر الفعال. أو منع نشاط الخلايا التائية. العلاج المناعي ، مثل مثبطات حاجز نقاط التفتيش ، يزيد من استمرار الخلايا التائية ، ويؤدي إلى استجابات دائمة في العديد من المرضى. ومع ذلك ، فإن العديد من أنواع الأورام والعديد من المرضى أظهروا استجابة طفيفة أو معدومة ، ومن غير المعروف السبب. كما ناقشنا ، غالبًا ما تكون الأورام العدوانية حمضية ، وقد رأينا تأثيرات انخفاض درجة الحموضة على كل من الخلايا السرطانية والسدى. ومع ذلك ، فإن تأثير الحمض على الخلايا التائية غير واضح. لذلك ، هدفنا إلى فهم تأثير الحموضة على وظيفة الخلايا التائية. لقد وجدنا أن خلايا الفئران التائية المنشطة تعتمد بشكل أساسي على التمثيل الغذائي للجليكولتيك ، وقد قللت من وظيفة المستجيب وقللت تحلل السكر في ظروف درجة الحموضة المنخفضة. على وجه التحديد ، يمنع الحمض تحلل السكر عن طريق منع انتقال اللاكتات خارج الخلية ، مما يزيد من اللاكتات داخل الخلايا ويقلل من درجة الحموضة داخل الخلايا مما يؤدي إلى تقليل تنظيم تحلل السكر. أدى تغيير درجة الحموضة في الأورام الصلبة باستخدام العلاج الوقائي إلى تحسين فعالية العلاجات المناعية. أظهرت هذه النتائج أن الحموضة في الأورام الصلبة تثبط وظيفة المستجيب للخلايا التائية ، وهو أمر حيوي للاستجابة للعلاج المناعي. من خلال تقليل الحماض داخل الورم ، قد نتمكن من تحسين استجابة العلاج المناعي للأورام والمرضى الذين لم يروا فائدة تذكر حتى الآن.

    الفصل الخامس: في دراساتنا ، نفترض أن الأس الهيدروجيني المنخفض ينتج عن الأيض عالي السكر في الخلايا السرطانية. ومع ذلك ، فإن التعبير عن البروتينات المشاركة في تصدير الحمض الخلوي ، مثل الكربونيك أنهيدراز IX ، يتم التعبير عنه غالبًا بشكل متزامن في الخلايا التي تظهر مستويات عالية من تحلل السكر كما هو الحال في الخلايا الرائدة عند الحواف الغازية. ماذا لو أدى تصدير الأحماض إلى امتصاص واستقلاب الجلوكوز؟ يربط العمل السابق بشدة بين حموضة الورم وزيادة الغزو والنقائل ، وأن تحييد حموضة الورم يمكن أن يمنع تكوين النقائل في العديد من الأنظمة. ومع ذلك ، فإن الارتباط ليس سببية. اختبرنا الفرضية القائلة بأن الحماض يمكن أن يسبب بشكل منهجي ورم خبيث عن طريق تحريض إنتاج الحمض من خلال التعبير عن مصدري بروتون غشاء البلازما. لقد صممنا نظامين "اكتساب الوظيفة" لتوليد إنتاج حمض مستقل عن إنتاج الأحماض الأيضية. لقد صممنا الخلايا المنتجة للحمض عن طريق الإفراط في التعبير عن مضخة بروتون الخميرة ، H-ATPase (PMA1) ، أو مادة كربونيك أنهيدراز 9 (CA-IX) خارجية للبروتون. أظهرت الدراسات في المختبر أن التعبير عن أي من مصدري البروتونات في خطوط الخلايا السرطانية البشرية غير النقيلية يعزز التحلل الهوائي والهجرة والغزو. في الجسم الحي ، شكلت الخلايا المنتجة للحمض أورامًا عالية الدرجة ، والتي ارتبطت بزيادة النقائل التلقائية والتجريبية. تحييد الحموضة مع العلاج الوقائي يقلل من ورم خبيث. لذلك ، يمكن أن تؤدي المعدلات المتزايدة لتصدير H + إلى زيادة تحلل السكر الهوائي (تأثير واربورغ) وتحويل الخلايا غير النقيلية إلى تلك التي تشكل ورم خبيث واسع النطاق. وبالتالي ، فإننا نقترح أن المتغيرات المرتبطة بالورم الخبيث يمكن تنشيطها وتعزيزها عن طريق زيادة إنتاج الحمض ، وبالتالي فإن الحماض هو سبب منتظم للورم الخبيث.

    بشكل عام ، تمكنا من فهم تأثير انخفاض درجة الحموضة على أنواع مختلفة من الخلايا في الأورام ، وكيف يؤثر ذلك على وظيفتها والآثار المترتبة على عدوانية السرطان والاستجابة للعلاج.


    شاهد الفيديو: What is the difference between Database vs. Data lake vs. Warehouse? (كانون الثاني 2023).